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- PDB-5hcn: GPN-loop GTPase Npa3 in complex with GMPPCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hcn
タイトルGPN-loop GTPase Npa3 in complex with GMPPCP
要素GPN-loop GTPase 1
キーワードHYDROLASE / GPN-loop GTPase / Chaperone / Assembly / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleocytoplasmic transport / mitotic sister chromatid cohesion / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein import into nucleus / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPN-loop GTPase 1 / GPN-loop GTPase / Conserved hypothetical ATP binding protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GPN-loop GTPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Niesser, J. / Wagner, F.R. / Kostrewa, D. / Muehlbacher, W. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
German Research FoundationSFB860 ドイツ
European Research CouncilTRANSIT ドイツ
Volkswagen FoundationVW Vorab ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of GPN-Loop GTPase Npa3 and Implications for RNA Polymerase II Assembly.
著者: Niesser, J. / Wagner, F.R. / Kostrewa, D. / Muhlbacher, W. / Cramer, P.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Derived calculations
改定 1.22016年2月24日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GPN-loop GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5146
ポリマ－29,5841
非ポリマー9305
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.240, 116.240, 56.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GPN-loop GTPase 1 / Essential PCL1-interacting ATPase 1 / GPN-loop GTPase NPA3 / Nucleolar preribosomal-associated protein 3


分子量: 29583.822 Da / 分子数: 1 / 断片: 1-264 delta 203-211 / 変異: 1-264 delta 203-211 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NPA3, EPA1, GPN1, YJR072C, J1821 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47122, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: small tubes / pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES (pH 7.5), 200 mM sodium chloride, 5 mM magnesium chloride, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.99888 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20172 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.11 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 13.12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Rsym value: 1.55 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→36.758 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 403 2 %
Rwork0.2136 19769 -
obs0.2139 20172 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 242.57 Å2 / Biso mean: 121.3027 Å2 / Biso min: 82.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→36.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1998 0 59 5 2062
Biso mean--125 110.68 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1452836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.107775
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.51840.41251310.32936405653699
2.5184-3.17270.33871330.29165446677100
3.1727-36.76340.18331390.18368206959100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.9295 Å / Origin y: 18.3738 Å / Origin z: 9.9674 Å
111213212223313233
T1.0421 Å2-0.0097 Å20.0312 Å2-1.0051 Å2-0.0264 Å2--1.0193 Å2
L0.9514 °2-0.5717 °20.169 °2-2.29 °2-1.3507 °2--0.8155 °2
S-0.171 Å °-0.06 Å °-0.2462 Å °0.0813 Å °0.2583 Å °0.2106 Å °-0.1018 Å °-0.0862 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain CA2 - 269
2X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain CC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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