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- PDB-5hch: X-ray structure of a lectin-bound DNA duplex containing an unnatu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hch
タイトルX-ray structure of a lectin-bound DNA duplex containing an unnatural phenanthrenyl pair
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
  • Fucose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECB / COMPLEX / ARTIFICIAL DNA / PHENANTHRENE
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-61J / DNA / DNA (> 10) / Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Roethlisberger, P. / Istrate, A. / Marcaida Lopez, M.J. / Visini, R. / Stocker, A. / Leumann, C.J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation20020_146646 スイス
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: X-ray structure of a lectin-bound DNA duplex containing an unnatural phenanthrenyl pair.
著者: Roethlisberger, P. / Istrate, A. / Marcaida Lopez, M.J. / Visini, R. / Stocker, A. / Reymond, J.L. / Leumann, C.J.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0997
ポリマ－19,7403
非ポリマー3594
水46826
1
A: Fucose-binding lectin
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Fucose-binding lectin
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,39828
ポリマ－78,96112
非ポリマー1,43716
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_585-x,-y+3,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_585x,x-y+3,-z+1/31
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.451, 60.451, 204.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

NA

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*TP*(DF)P*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*GP*AP*TP*AP*(DF)P*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4051.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL / Photopexin A


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, AN280_27645, AN399_05715, AN400_17270, AN446_25935, AN447_15925, AOD73_08535, AOX61_23230, AOX62_26425, APG03_22020, APG04_23970, APG05_03535, APG06_28020, APG07_27985, ERS445055_ ...遺伝子: lecB, AN280_27645, AN399_05715, AN400_17270, AN446_25935, AN447_15925, AOD73_08535, AOX61_23230, AOX62_26425, APG03_22020, APG04_23970, APG05_03535, APG06_28020, APG07_27985, ERS445055_01627, PA8380_17510, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_00423, PAMH19_1713, PAO1OR1608
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS
#6: 糖 ChemComp-61J / (6S)-2,6-anhydro-1-deoxy-6-(2-{[(S)-hydroxy(oxido)-lambda~5~-phosphanyl]oxy}ethyl)-D-galactitol


タイプ: D-saccharide / 分子量: 256.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17O7P

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非ポリマー , 3種, 29分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride, 30% w/v PEG4000
PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.62 Å / Num. obs: 5374 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20.54
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / % possible all: 90.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.96 Å46.6 Å
Translation2.96 Å46.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OXC

1oxc


解像度: 2.9→46.616 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 538 10.01 %Random Selection
Rwork0.2271 ---
obs0.2302 5373 98.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 231.68 Å2 / Biso mean: 91 Å2 / Biso min: 28.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→46.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数827 537 19 26 1409
Biso mean--86.96 60.73 -
残基数----140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1212096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.022184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.367533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9002-3.19190.36691220.28741095X-RAY DIFFRACTION94
3.1919-3.65370.25361320.23651187X-RAY DIFFRACTION100
3.6537-4.60260.2791350.2381218X-RAY DIFFRACTION100
4.6026-46.62150.22341490.20251335X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.2495 Å / Origin y: 76.3711 Å / Origin z: 45.5062 Å
111213212223313233
T0.2992 Å2-0.3256 Å2-0.0147 Å2-0.6137 Å2-0.1619 Å2--0.8695 Å2
L0.9534 °2-0.1726 °20.2247 °2-2.8749 °20.0187 °2--2.9723 °2
S-0.2259 Å °-0.192 Å °0.0235 Å °0.8077 Å °-0.0191 Å °-0.6621 Å °0.0478 Å °0.7103 Å °0.2871 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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