PDB-5hc5: The structure of esterase Est22 mutant-S188A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hc5

タイトル

The structure of esterase Est22 mutant-S188A

要素

Lipolytic enzyme

キーワード

HYDROLASE / esterase / Est22

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Li, J. / Huang, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insights of a hormone sensitive lipase homologue Est22.
著者: Huang, J. / Huo, Y.Y. / Ji, R. / Kuang, S. / Ji, C. / Xu, X.W. / Li, J.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hc5.cif.gz	262.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hc5.ent.gz	214.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hc5_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hc5_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	5hc5_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	5hc5_validation.cif.gz	65 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hc0C 5hc2C 5hc3C 5hc4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hc2-1 6sxy-d 5hc4-1 5hc0-1 5hc2-2 5hc3-2 6sxp-d 3fhx-d 7bip-d 3fhy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipolytic enzyme

B: Lipolytic enzyme

C: Lipolytic enzyme

D: Lipolytic enzyme

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipolytic enzyme

B: Lipolytic enzyme

登録者が定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lipolytic enzyme

D: Lipolytic enzyme

登録者が定義した集合体
78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.467, 121.802, 150.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipolytic enzyme 分子量: 39066.684 Da / 分子数: 4 / 変異: S188A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: H6BDX1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1M Sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→94.56 Å / Num. obs: 55338 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 8.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

解像度: 2.43→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 10.021 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22562	2476	5 %	RANDOM
R_work	0.16124	-	-	-
obs	0.16447	47213	87.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.011 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10162	0	0	198	10360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.967	14299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.994	3	22548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.573	5	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.205	24.573	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.348	15	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.916	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	12254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.29	3.878	5506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.287	3.877	5505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.572	5.808	6898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.572	5.809	6899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.532	4.059	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.532	4.059	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.067	5.99	7391
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.567	30.184	11909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.541	30.184	11869
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.434→2.498 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	72	-
R_work	0.272	1562	-
obs	-	-	39.66 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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