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- PDB-5hbt: Complex structure of Fab35 and human nAChR alpha1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hbt
タイトルComplex structure of Fab35 and human nAChR alpha1
要素
  • Acetylcholine receptor subunit alpha 1
  • Alpha-bungarotoxin isoform V31
  • Fab35, Heavy Chain
  • Fab35, Light Chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN/TOXIN / nicotinic acetylcholine receptor alpha1 / Fab35 / Complex / Myasthenia Gravis / TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic ...skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / postsynaptic specialization membrane / acetylcholine receptor signaling pathway / neuromuscular process / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neuromuscular junction development / muscle cell cellular homeostasis / skeletal muscle contraction / neuronal action potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / response to nicotine / neuromuscular junction / neuron cellular homeostasis / transmembrane signaling receptor activity / monoatomic ion channel activity / toxin activity / postsynaptic membrane / membrane => GO:0016020 / neuron projection / synapse / cell surface / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Nicotinic acetylcholine receptor / CD59 / CD59 / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Snake toxin-like superfamily ...Snake toxin and toxin-like protein / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Nicotinic acetylcholine receptor / CD59 / CD59 / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Snake toxin-like superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit alpha / Acetylcholine receptor subunit alpha / Alpha-bungarotoxin isoform V31
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Noridomi, K. / Watanabe, G. / Hansen, M.N. / Han, G.W. / Chen, L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the molecular mechanisms of myasthenia gravis and their therapeutic implications.
著者: Noridomi, K. / Watanabe, G. / Hansen, M.N. / Han, G.W. / Chen, L.
履歴
登録2016年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Acetylcholine receptor subunit alpha 1
C: Fab35, Light Chain
D: Fab35, Heavy Chain
A: Alpha-bungarotoxin isoform V31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4925
ポリマ－79,9334
非ポリマー1,5591
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.006, 42.143, 136.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Acetylcholine receptor subunit alpha 1 / Cholinergic receptor / nicotinic / alpha 1 (Muscle) / isoform CRA_c


分子量: 24626.900 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-231 / 変異: V8E, W149R, V155A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRNA1, hCG_1811440 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: G5E9G9, UniProt: P02708*PLUS
#4: タンパク質 Alpha-bungarotoxin isoform V31 / BGTX V31 / Long neurotoxin 1


分子量: 8033.334 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-95 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
参照: UniProt: P60616

-
抗体 , 2種, 2分子 CD

#2: 抗体 Fab35, Light Chain


分子量: 23392.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#3: 抗体 Fab35, Heavy Chain


分子量: 23879.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 103分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium cacodylate trihydrate, calcium acetate hydrate, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 36729 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.423 / Net I/av σ(I): 9.644 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 127914
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Χ2% possible allRpim(I) allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.25-2.292.10.280.91757.8
2.29-2.332.20.4050.92469.30.86
2.33-2.382.50.3910.89580.60.931
2.38-2.422.80.4170.92790.90.947
2.42-2.483.10.4780.91997.70.881
2.48-2.533.40.5480.98399.50.782
2.53-2.63.60.5880.99799.90.691
2.6-2.673.70.5731.0761000.5930.979
2.67-2.753.80.7421.0141000.4520.7540.88
2.75-2.833.80.8141.121000.3560.5960.695
2.83-2.943.80.8791.171000.2710.4530.528
2.94-3.053.80.9341.30499.90.2020.3380.394
3.05-3.193.80.9521.4861000.150.250.292
3.19-3.363.80.9751.6161000.1110.1860.217
3.36-3.573.80.9861.7711000.0810.1350.158
3.57-3.853.70.9891.8831000.0590.0970.114
3.85-4.233.70.9931.971000.0460.0760.089
4.23-4.853.70.9952.3341000.0360.0590.07
4.85-6.13.70.9961.8951000.0310.0510.06
6.1-503.50.9971.82599.60.0240.0380.045

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.61→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 27.128 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.458 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25995 1231 4.9 %RANDOM
Rwork0.20697 ---
obs0.20959 23958 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.41 Å20 Å20.81 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----2.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.61→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5577 0 105 102 5784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.025840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3411.9697981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.909312115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2335713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98824.402234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8215931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2221524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2874.2252864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2874.2242863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3496.3293573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3496.333574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.024.2942976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.024.2942976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8596.4244408
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.73247.4195947
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.71447.4055941
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.608→2.675 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 93 -
Rwork0.32 1633 -
obs--93.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.029-0.32660.54990.05140.24743.10630.2480.52040.02750.0018-0.1406-0.0485-0.0739-0.7178-0.10740.05110.0367-0.05390.40680.04380.12459.7161-26.7122-10.1
20.50040.03290.1060.0335-0.11680.73970.0234-0.01250.03060.0215-0.00460.03570.0032-0.0097-0.01880.1906-0.01390.01870.0958-0.01570.099328.8818-12.29385.5857
31.2711-0.368-1.03690.11540.38862.0793-0.0317-0.20460.05230.00830.0494-0.01710.29520.1041-0.01770.1944-0.12940.05630.1925-0.06690.024516.2821-20.169165.7725
41.0535-0.1621-0.33210.1269-0.27781.2622-0.0105-0.3027-0.1167-0.01260.04030.0343-0.0490.1827-0.02980.1229-0.0080.01120.2461-0.00270.031134.7865-19.999564.3352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 211
3X-RAY DIFFRACTION2B301 - 309
4X-RAY DIFFRACTION3C1 - 212
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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