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- PDB-5h9d: Crystal structure of Heptaprenyl Diphosphate Synthase from Staphy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h9d
タイトルCrystal structure of Heptaprenyl Diphosphate Synthase from Staphylococcus aureus
要素
  • C-terminal peptide from Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
  • Farnesyl pyrophosphate synthetase
  • Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
キーワードTRANSFERASE / metal-binding / substrate binding / acidocalcisomal pyrophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


heptaprenyl diphosphate synthase activity / heptaprenyl diphosphate synthase / dimethylallyltranstransferase / dimethylallyltranstransferase activity / menaquinone biosynthetic process / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Heptaprenyl diphosphate synthase subunit 1 / Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 / Hexaprenyl diphosphate synthase, small subunit / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Heptaprenyl diphosphate synthase subunit 1 / Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 / Hexaprenyl diphosphate synthase, small subunit / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Farnesyl pyrophosphate synthetase / Heptaprenyl pyrophosphate synthase subunit A / Heptaprenyl diphosphate syntase component II, putative / Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Wei, H.L. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Ko, T.P. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2016
タイトル: Structure, Function, and Inhibition of Staphylococcus aureus Heptaprenyl Diphosphate Synthase
著者: Desai, J. / Liu, Y.L. / Wei, H. / Liu, W. / Ko, T.P. / Guo, R.T. / Oldfield, E.
履歴
登録2015年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthetase
B: Farnesyl pyrophosphate synthetase
C: Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
D: Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
K: C-terminal peptide from Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
L: C-terminal peptide from Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,33810
ポリマ－120,9596
非ポリマー3804
水2,126118
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthetase
C: Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
K: C-terminal peptide from Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7646
ポリマ－60,4793
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Farnesyl pyrophosphate synthetase
D: Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
L: C-terminal peptide from Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5744
ポリマ－60,4793
非ポリマー951
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.394, 137.642, 144.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

21D-218-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthetase / Heptaprenyl diphosphate syntase component II / Heptaprenyl diphosphate synthase


分子量: 36199.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: hepT, gerCC, AFO87_08490, AL078_00755, AL493_08930, AL498_03950, AL508_07350, AM595_07380, CH51_07695, EQ80_006970, ER12_006960, ERS092844_00891, ERS093009_01199, ERS195423_01812, ...遺伝子: hepT, gerCC, AFO87_08490, AL078_00755, AL493_08930, AL498_03950, AL508_07350, AM595_07380, CH51_07695, EQ80_006970, ER12_006960, ERS092844_00891, ERS093009_01199, ERS195423_01812, ERS365775_02304, ERS410449_02217, ERS411009_00914, ERS411017_01500, ERS445052_01888, FE68_02720, RL02_11030, RT87_07355, SAMI_1402
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D6HKK2, UniProt: Q2FYG6*PLUS, dimethylallyltranstransferase, heptaprenyl diphosphate synthase
#2: タンパク質 Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein / Heptaprenyl pyrophosphate synthase subunit A


分子量: 22185.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: AL078_00765, AM595_07390, AUC48_07185, AUC49_07360, AUC50_07510, BN1321_260110, ERS179246_00728, ERS445051_01360, NI36_07270, RT87_07365, SA7112_09025, SAFDA_1366, SAMI_1404, SASCBU26_01375
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W8TTD5
#3: タンパク質・ペプチド C-terminal peptide from Heptaprenyl diphosphate synthase (HEPPP synthase) subunit 1 family protein


分子量: 2093.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W8TTD5, UniProt: Q2FYG4*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: Citic acid, bis-tris propane, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→25 Å / Num. obs: 35313 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 2.258 / Net I/av σ(I): 38.038 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 175144
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.68-2.7850.4835820.8780.2290.5341.66294.3
2.78-2.8950.35235450.930.1670.3921.71393.9
2.89-3.0250.24835550.9690.1180.2761.8293.8
3.02-3.1850.16335550.9830.0770.1811.94693.5
3.18-3.385.10.11135540.9910.0520.1232.05993.1
3.38-3.6450.07635140.9950.0360.0842.4892.2
3.64-44.90.05635370.9970.0270.0632.94492.1
4-4.584.90.04135230.9980.0190.0462.92591.4
4.58-5.754.90.03535250.9990.0160.0392.69290.6
5.751-254.70.02734230.9990.0130.0312.4285.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.21精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
詳細: Chains K/L are built from residual densities exist between the neighboring heterodimers. Author persume Chains K/L come from a neighboring heterodimer with the region 140-170 of the protein unfolded.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 1662 4.3 %
Rwork0.2435 31869 -
obs-33531 86.9 %
溶媒の処理Bsol: 50.3455 Å2
原子変位パラメータBiso max: 148.41 Å2 / Biso mean: 75.7839 Å2 / Biso min: 37.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.72 Å2-0 Å20 Å2
2--8.039 Å20 Å2
3----13.759 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8446 0 20 130 8596
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8122
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7872.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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