PDB-5h6n: DNA targeting ADP-ribosyltransferase Pierisin-1, autoinhibitory form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h6n

タイトル

DNA targeting ADP-ribosyltransferase Pierisin-1, autoinhibitory form

要素

Pierisin-1

キーワード

TRANSFERASE / DNA-targeting ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-deoxyguanosine DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / apoptotic process / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pieris rapae (モンシロチョウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Oda, T. / Hirabayashi, H. / Shikauchi, G. / Takamura, R. / Hiraga, K. / Minami, H. / Hashimoto, H. / Yamamoto, M. / Wakabayashi, K. / Sugimura, T. ...

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of autoinhibition and activation of the DNA-targeting ADP-ribosyltransferase pierisin-1
著者: Oda, T. / Hirabayashi, H. / Shikauchi, G. / Takamura, R. / Hiraga, K. / Minami, H. / Hashimoto, H. / Yamamoto, M. / Wakabayashi, K. / Shimizu, T. / Sato, M.

履歴

登録	2016年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h6n.cif.gz	214.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h6n.ent.gz	171.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h6n_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h6n_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	5h6n_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	5h6n_validation.cif.gz	56.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/5h6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/5h6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h6jC 5h6kC 5h6lC 5h6mC 2cb4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h6l-1 5h6l-2 3czy-2 5nkw-d 5if9-2 4eo9-d 5h6m-1 4py3-2 1ozl-2 3bf8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Pierisin-1

B: Pierisin-1

C: Pierisin-1

D: Pierisin-1

126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pierisin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pierisin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Pierisin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Pierisin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.070, 110.500, 133.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pierisin-1 分子量: 31456.125 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-267 / 変異: E165Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pieris rapae (モンシロチョウ) / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): codon plus RIPL 参照: UniProt: H3JU00, UniProt: Q9U8Q4*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Pierisin-1

分子量: 31456.125 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-267 / 変異: E165Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pieris rapae (モンシロチョウ) / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): codon plus RIPL
参照: UniProt: H3JU00, UniProt: Q9U8Q4*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22% (v/v) t-butanol and 0.1M Tris-HCl pH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 132451 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.74 % / Net I/σ(I): 19.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CB4

2cb4

解像度: 1.8→30.068 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 2.909 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24141	6687	5 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.22487	125934	94.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.354 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-0 Å²	-0.64 Å²
2-	-	0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→30.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7885	0	0	588	8473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	8098
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7530
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.122	1.933	11034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	17200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.93	5	952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.756	23.166	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.442	15	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.126	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	9282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.903	3.072	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.903	3.071	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.657	4.594	4782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.657	4.595	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.692	3.189	4257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.692	3.187	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.254	4.737	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.831	24.532	9551
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.562	24.345	9310
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	366	-
R_work	0.312	6680	-
obs	-	-	68.59 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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