+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h6n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | DNA targeting ADP-ribosyltransferase Pierisin-1, autoinhibitory form | ||||||
![]() | Pierisin-1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DNA-targeting ADP-ribosyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2'-deoxyguanosine DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / apoptotic process / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oda, T. / Hirabayashi, H. / Shikauchi, G. / Takamura, R. / Hiraga, K. / Minami, H. / Hashimoto, H. / Yamamoto, M. / Wakabayashi, K. / Sugimura, T. ...Oda, T. / Hirabayashi, H. / Shikauchi, G. / Takamura, R. / Hiraga, K. / Minami, H. / Hashimoto, H. / Yamamoto, M. / Wakabayashi, K. / Sugimura, T. / Shimizu, T. / Sato, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of autoinhibition and activation of the DNA-targeting ADP-ribosyltransferase pierisin-1 著者: Oda, T. / Hirabayashi, H. / Shikauchi, G. / Takamura, R. / Hiraga, K. / Minami, H. / Hashimoto, H. / Yamamoto, M. / Wakabayashi, K. / Shimizu, T. / Sato, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 171.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31456.125 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-267 / 変異: E165Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: H3JU00, UniProt: Q9U8Q4*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22% (v/v) t-butanol and 0.1M Tris-HCl pH8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 132451 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.74 % / Net I/σ(I): 19.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CB4 解像度: 1.8→30.068 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.909 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.354 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→30.068 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|