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- PDB-5h6g: Crystal structure of a thermostable lipase from Marine Streptomyces -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h6g
タイトルCrystal structure of a thermostable lipase from Marine Streptomyces
要素Putative secreted lipase
キーワードHYDROLASE / Lipase / Thermostability / marine
機能・相同性Lipase EstA/Esterase EstB / Lipase (class 2) / lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / : / PHOSPHATE ION / Putative secreted lipase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. W007 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Hou, S. / Zhao, Z. / Liu, J.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a lipase from Streptomyces sp. strain W007 - implications for thermostability and regiospecificity
著者: Zhao, Z. / Hou, S. / Lan, D. / Wang, X. / Liu, J. / Khan, F.I. / Wang, Y.
履歴
登録2016年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted lipase
B: Putative secreted lipase
C: Putative secreted lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,25411
ポリマ－86,6723
非ポリマー5828
水1,982110
1
A: Putative secreted lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0574
ポリマ－28,8911
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
2
B: Putative secreted lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2155
ポリマ－28,8911
非ポリマー3244
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
3
C: Putative secreted lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9832
ポリマ－28,8911
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.500, 129.500, 137.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

CL

21A-303-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative secreted lipase


分子量: 28890.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. W007 (バクテリア)
株: W007 / 遺伝子: SPW_1544 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: H0B8D4

-
非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 % / Mosaicity: 0.44 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.0M Sodium phosphate monobasic monohydrate, Potassium phosphate dibasic (pH 5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→64.75 Å / Num. obs: 56185 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 590046 / Scaling rejects: 860
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.34-2.4110.40.9294704045330.8210.30.9771.798.8
9.93-64.759.30.03776668220.9970.0130.03948.599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.1.30データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H6B

5h6b


解像度: 2.34→64.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.237 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2850 5.1 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1929 53333 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.59 Å2 / Biso mean: 42.999 Å2 / Biso min: 24.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.23 Å20 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→64.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5731 0 29 110 5870
Biso mean--82.55 35.61 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.9688096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003312824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30124.16238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48915850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4024.1683037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4014.1673036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7096.2413791
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 207 -
Rwork0.293 3885 -
all-4092 -
obs--98.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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