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- PDB-5h5n: The crystal structure of the NS1 (H17N10) RNA-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h5n
タイトルThe crystal structure of the NS1 (H17N10) RNA-binding domain
要素Non-structural protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / influenza virus / RNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / host cell cytoplasm / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / Helix Hairpins / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhao, X. / Qi, J. / Xiao, H. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 2016
タイトル: The NS1 gene from bat-derived influenza-like virus H17N10 can be rescued in influenza A PR8 backbone
著者: Zhao, X. / Tefsen, B. / Li, Y. / Qi, J. / Lu, G. / Shi, Y. / Yan, J. / Xiao, H. / Gao, G.F.
履歴
登録2016年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1382
ポリマ－17,1382
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.847, 53.847, 114.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 8568.854 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-74 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
遺伝子: NS1, NS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H6QM99
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.085M HEPES pH 7.5, 3.655M sodium chloride, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11847 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AIL

1ail


解像度: 2→39.292 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 565 4.78 %
Rwork0.2096 --
obs0.2116 11821 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1148 0 0 70 1218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2451583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.706459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9992-2.20040.27821470.21672737X-RAY DIFFRACTION99
2.2004-2.51880.29671260.20022818X-RAY DIFFRACTION99
2.5188-3.17320.24681470.22322860X-RAY DIFFRACTION100
3.1732-39.29950.2421450.20492841X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2864-0.0360.1360.10440.12160.2644-0.00210.0965-0.0572-0.0722-0.2167-0.23940.21380.00800.47140.01120.01490.43320.02620.39811.652211.9012-19.8208
20.08920.097-0.01720.4175-0.14830.3818-0.05310.2230.0728-0.3020.0697-0.0148-0.007-0.046200.44090.01250.00320.45580.04240.42553.957214.2519-22.3244
30.2898-0.1732-0.18690.15690.1830.19720.1748-0.13010.29610.2019-0.17840.3282-0.272-0.084900.41490.01270.02940.45390.02670.46080.581525.8779-15.0235
40.1426-0.0139-0.08210.20620.12980.09810.0418-0.18720.01750.2293-0.02590.05680.01710.152-00.4734-0.00310.06120.461-0.00020.47566.648519.2591-7.7519
50.18590.0501-0.06760.0615-0.06230.06830.0443-0.52150.1744-0.01060.12180.5462-0.3716-0.6644-00.44280.103-0.01120.51210.0410.6838-5.439728.539-16.9677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 72 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 25 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 26 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 72 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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