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- PDB-5h30: Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h30
タイトルCryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5
要素
  • IgG C10 heavy chain
  • IgG C10 light chain
  • structural protein E
  • strutural protein M
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Zhang, S. / Kostyuchenko, V. / Ng, T.-S. / Lok, S.-M.
資金援助 シンガポール, 米国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education Tier 3 grantMOE2012-T3-1-008 シンガポール
National Research Foundation Investigatorship awardNRFI2016-01 シンガポール
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100625 and AI 107731 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Neutralization mechanism of a highly potent antibody against Zika virus.
著者: Shuijun Zhang / Victor A Kostyuchenko / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Sebastian Lambert / Ter Yong Tan / Douglas G Widman / Jian Shi / Ralph S Baric / Shee-Mei Lok /
要旨: The rapid spread of Zika virus (ZIKV), which causes microcephaly and Guillain-Barré syndrome, signals an urgency to identify therapeutics. Recent efforts to rescreen dengue virus human antibodies ...The rapid spread of Zika virus (ZIKV), which causes microcephaly and Guillain-Barré syndrome, signals an urgency to identify therapeutics. Recent efforts to rescreen dengue virus human antibodies for ZIKV cross-neutralization activity showed antibody C10 as one of the most potent. To investigate the ability of the antibody to block fusion, we determined the cryoEM structures of the C10-ZIKV complex at pH levels mimicking the extracellular (pH8.0), early (pH6.5) and late endosomal (pH5.0) environments. The 4.0 Å resolution pH8.0 complex structure shows that the antibody binds to E proteins residues at the intra-dimer interface, and the virus quaternary structure-dependent inter-dimer and inter-raft interfaces. At pH6.5, antibody C10 locks all virus surface E proteins, and at pH5.0, it locks the E protein raft structure, suggesting that it prevents the structural rearrangement of the E proteins during the fusion event-a vital step for infection. This suggests antibody C10 could be a good therapeutic candidate.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_image_scans
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9573
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9573
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
B: structural protein E
E: strutural protein M
F: strutural protein M
G: IgG C10 heavy chain
H: IgG C10 light chain
K: IgG C10 heavy chain
L: IgG C10 light chain
I: IgG C10 heavy chain
M: IgG C10 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,17912
ポリマ－266,17912
非ポリマー00
水00
1
A: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
B: structural protein E
E: strutural protein M
F: strutural protein M
G: IgG C10 heavy chain
H: IgG C10 light chain
K: IgG C10 heavy chain
L: IgG C10 light chain
I: IgG C10 heavy chain
M: IgG C10 light chain
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,970,744720
ポリマ－15,970,744720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
B: structural protein E
E: strutural protein M
F: strutural protein M
G: IgG C10 heavy chain
H: IgG C10 light chain
K: IgG C10 heavy chain
L: IgG C10 light chain
I: IgG C10 heavy chain
M: IgG C10 light chain
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.33 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,330,89560
ポリマ－1,330,89560
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
B: structural protein E
E: strutural protein M
F: strutural protein M
G: IgG C10 heavy chain
H: IgG C10 light chain
K: IgG C10 heavy chain
L: IgG C10 light chain
I: IgG C10 heavy chain
M: IgG C10 light chain
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.6 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,597,07472
ポリマ－1,597,07472
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: structural protein E
C: structural protein E
D: strutural protein M
B: structural protein E
E: strutural protein M
F: strutural protein M
G: IgG C10 heavy chain
H: IgG C10 light chain
K: IgG C10 heavy chain
L: IgG C10 light chain
I: IgG C10 heavy chain
M: IgG C10 light chain
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 16 MDa, 720 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,970,744720
ポリマ－15,970,744720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 structural protein E / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / 参照: UniProt: A0A024B7W1
#2: タンパク質 strutural protein M / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8496.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / 参照: UniProt: A0A024B7W1
#3: 抗体 IgG C10 heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 14487.058 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 IgG C10 light chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11298.362 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Zika virusCOMPLEX#1-#21NATURAL
3Fab C10COMPLEX#3-#41RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T / プラスミド: unknown
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 43 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45867 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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