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万見
- PDB-5h2q: Crystal structure of T brucei phosphodiesterase B2 bound to compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h2q
タイトルCrystal structure of T brucei phosphodiesterase B2 bound to compound 13e
要素Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / Phosphodiesterase Inhibitor / Trypanosoma brucei
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / axoneme / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LLI / Phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Noble, C.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosomal Phosphodiesterase B1 and B2 as a Potential Therapy for Human African Trypanosomiasis
著者: Ng, P.S. / Noble, C.G. / Ng, F.S.B. / Chew, S.H. / Lim, C.C. / Manoharan, V. / Wan, K.F. / Vachaspati, P. / Kaiser, M. / Ma, N.L. / Gedeck, P. / Kounde, C. / Rao, S.P.S.
履歴
登録2016年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1508
ポリマ－77,0102
非ポリマー1,1416
水13,511750
1
A: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0754
ポリマ－38,5051
非ポリマー5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0754
ポリマ－38,5051
非ポリマー5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.210, 97.210, 120.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1302-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phosphodiesterase


分子量: 38504.910 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 586-918 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1
参照: UniProt: Q38F42, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-LLI / (4~{a}~{S},8~{a}~{R})-2-cycloheptyl-4-[4-methoxy-3-[2-(2-oxidanylideneimidazolidin-1-yl)ethoxy]phenyl]-4~{a},5,8,8~{a}-tetrahydrophthalazin-1-one


分子量: 480.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36N4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15-20% PEG 3350, 0.1 M MES, pH 5.5 and 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→84.19 Å / Num. obs: 78106 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 22.44 Å2 / Net I/σ(I): 21.79
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I15

4i15


解像度: 1.66→84.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9527 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9411 / SU R Cruickshank DPI: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 3932 5.03 %RANDOM
Rwork0.1722 ---
obs0.1736 78106 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.546 Å20 Å20 Å2
2---2.546 Å20 Å2
3---5.092 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.176 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.66→84.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5284 0 74 750 6108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.957391HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1988SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes809HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5466HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion694SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7218SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.7 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 284 4.96 %
Rwork0.2154 5441 -
all0.2162 5725 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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