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- PDB-5h2f: Crystal structure of the PsbM-deletion mutant of photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h2f
タイトルCrystal structure of the PsbM-deletion mutant of photosystem II
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 15
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II / Mutant / PsbM
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2070 / photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2070 / photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Unknown ligand / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Uto, S. / Kawakami, K. / Umena, Y. / Iwai, M. / Ikeuchi, M. / Shen, J.R. / Kamiya, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI Grants24227002 日本
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas Artificial photosynthesis (AnApple)24107003 日本
引用ジャーナル: Faraday Discuss. / 年: 2017
タイトル: Mutual relationships between structural and functional changes in a PsbM-deletion mutant of photosystem II.
著者: Uto, S. / Kawakami, K. / Umena, Y. / Iwai, M. / Ikeuchi, M. / Shen, J.R. / Kamiya, N.
履歴
登録2016年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1 1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)714,040387
ポリマ－575,43436
非ポリマー138,607351
水41,7412317
1
A: Photosystem II protein D1 1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,647193
ポリマ－287,71718
非ポリマー68,930175
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
a: Photosystem II protein D1 1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,394194
ポリマ－287,71718
非ポリマー69,677176
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.954, 226.993, 285.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Photosystem II ... , 15種, 30分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlOoTtUuYyXxZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 1 / PSII D1 protein 1 / Photosystem II Q(B) protein 1


分子量: 37059.258 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 11-344 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56096.758 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-506 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 7-461 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem II Q(A) protein


分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 11-352 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7057.349 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-64 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4195.983 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-36 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-40 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4038.735 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 3-37 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / MSP


分子量: 26523.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 30-272 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-Tc


分子量: 3648.379 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-30 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0
#14: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 38-134 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3098.921 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 18-46 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 3833.601 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-38 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1R6
#18: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9220.409 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 5-84 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3781.534 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 13-45 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9

-
タンパク質 , 1種, 2分子 Vv

#15: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c-549 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386

-
糖 , 3種, 38分子

#29: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#34: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 19種, 2630分子

#19: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#20: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#21: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#24: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#25: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#26: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#27: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#30: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 27 / 由来タイプ: 合成
#31: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#32: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#33: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#36: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#37: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#38: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#39: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化温度: 285 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.1
詳細: PEG1450, sodium chloride, calcium chloride, magnesium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 385629 / Num. obs: 385629 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 8.331 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 2003997
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.324.90.7051.1272075558840.3440.7880.7052.296.6
2.32-2.465.20.5011.6280540537470.2330.5550.5013.298.1
2.46-2.635.20.3292.4264117504300.1520.3640.3294.897.8
2.63-2.845.30.2143.6246041468010.0990.2360.2147.197.4
2.84-3.115.30.1395.6226841429810.0640.1530.13910.497.1
3.11-3.485.30.0859205105387550.0390.0940.08515.996.6
3.48-4.025.30.05113.9180093340750.0240.0570.05125.396.2
4.02-4.925.20.03717.6150664286990.0170.0410.03735.195.3
4.92-6.965.30.03518.3116469221160.0160.0390.03538.594.3
6.96-46.7945.10.0292062052121410.0140.0320.02948.791.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WU2

3wu2


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.768 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 19307 5 %RANDOM
Rwork0.1744 ---
obs0.177 365283 96.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.97 Å2 / Biso mean: 42.025 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å2-0 Å20 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3----2.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39962 0 9427 2370 51759
Biso mean--51.42 43.81 -
残基数----5151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02551170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3352.53470092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.06855157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98423.0741750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.763156098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0115207
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.27217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02136891
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 1291 -
Rwork0.259 25485 -
all-26776 -
obs--94.47 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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