PDB-5h1p: CRISPR-associated protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h1p

タイトル

CRISPR-associated protein

要素

CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

キーワード

HYDROLASE / CRISPR-associated protein / Endonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas albilineans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Ka, D. / Jeong, U. / Bae, E.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn / 年: 2017
タイトル: Structural and dynamic insights into the role of conformational switching in the nuclease activity of the Xanthomonas albilineans Cas2 in CRISPR-mediated adaptive immunity
著者: Ka, D. / Hong, S. / Jeong, U. / Jeong, M. / Suh, N. / Suh, J.Y. / Bae, E.

履歴

登録	2016年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h1p.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h1p.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/5h1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/5h1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h1oSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v4p-2 5h1o-d 4hjz-2 4m1l-d 2pa0-1 3t36-1 2p9z-2 2w6w-d 1ysq-d 3obf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

B: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

ヘテロ分子

24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.625, 90.625, 50.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 分子量: 11945.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas albilineans (strain GPE PC73 / CFBP 7063) (バクテリア) 株: GPE PC73 / CFBP 7063 / 遺伝子: cas2, XALc_2892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D2UG58, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM Ammonium acetate, 85 mM Sodium acetate pH 4.6, 23.0% (w/v) PEG4000, 10% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 23845 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / CC_1/2: 0.915 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5H1O

5h1o

解像度: 1.75→29.664 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	1220	5.12 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1649	23830	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.664 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1353	0	12	172	1537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	1388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.578	1867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.249	519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7487-1.8187	0.2398	135	0.2183	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8187-1.9015	0.2646	131	0.1912	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9015-2.0017	0.1874	155	0.172	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0017-2.1271	0.199	143	0.1659	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1271-2.2912	0.1965	153	0.1586	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2912-2.5217	0.1979	131	0.169	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5217-2.8863	0.202	121	0.1631	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8863-3.6354	0.1649	131	0.1583	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6354-29.6682	0.2133	120	0.1565	2571	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7508	-6.4786	-4.9587	7.2286	5.6517	4.37	0.0082	0.3086	-0.0877	-0.3309	-0.4674	0.5436	-0.0677	-0.1053	0.4638	0.2653	0.0094	-0.0868	0.2764	-0.0381	0.3489	14.9972	-31.7927	0.4961
2	8.1583	-0.2849	2.4902	4.2974	0.8374	7.4958	-0.3117	0.1563	1.9654	-0.1712	-0.2721	0.6874	-1.6079	-0.8797	0.3609	0.7421	0.1065	-0.2668	0.3187	-0.0643	0.7282	13.5065	-15.6014	1.692
3	4.9271	-4.1585	-3.8665	5.7114	5.421	5.189	-0.3387	0.6999	0.5748	-0.7828	0.3646	-0.8842	-0.8532	0.6464	0.0018	0.3894	-0.1119	-0.0825	0.3866	0.0437	0.4059	24.0433	-26.676	-3.2087
4	7.0681	0.4797	5.5138	4.0256	-0.117	8.6031	0.0713	0.4485	-0.3485	0.135	0.2081	-0.3234	0.2128	0.6329	-0.2449	0.2113	-0.0138	-0.0418	0.222	-0.0435	0.2526	20.6277	-32.9655	-1.1112
5	6.9322	2.0289	2.3701	7.5445	-1.1572	2.7839	-0.1506	-0.3656	0.5368	0.1997	-0.0549	0.1645	-0.2859	-0.1955	0.1629	0.2356	0.0118	-0.0463	0.2455	-0.0588	0.1961	15.9945	-28.6891	7.006
6	4.7056	-6.7596	4.6691	2.0729	-5.4396	8.4634	-0.4397	-0.0773	-0.0376	-0.5175	0.2675	-0.0819	0.3185	-0.3549	0.0508	0.313	-0.0472	0.0241	0.2614	0.0005	0.2981	13.4758	-44.599	-8.6863
7	8.7388	1.7358	1.5197	3.2762	-0.3144	1.934	0.0195	0.5459	0.9856	-1.29	0.3029	-1.2173	-0.3197	1.1347	-0.0639	0.3347	-0.0775	0.0604	0.5379	0.0918	0.5129	9.7454	-30.4969	-15.9671
8	2.9129	-2.177	0.1473	6.9365	-3.3134	7.6728	0.0897	0.1645	0.9788	-0.0349	-0.2443	0.5352	-0.7102	0.2423	0.0311	0.2097	-0.0143	-0.1027	0.2028	0.0502	0.4265	3.8876	-31.2834	-6.5458
9	9.2128	-3.712	3.1277	3.369	-3.5125	3.7328	-0.0998	-0.289	2.5412	-0.0357	0.0252	0.9125	-1.9808	-0.8599	-0.2765	0.5729	0.0685	-0.1311	0.3142	0.0844	0.7857	-3.3048	-21.8166	-8.6155
10	1.8058	-1.6337	-1.536	9.0094	0.5845	9.4001	0.0568	0.1343	1.1072	-0.4851	0.3822	1.9123	-0.8933	-1.2732	-0.1475	0.306	0.0629	-0.0311	0.3587	0.0272	0.524	-7.0043	-28.2091	-5.4735
11	3.405	-0.8615	3.3711	2.4825	-1.7646	3.7055	-0.142	-1.0468	1.2829	1.0829	0.1281	0.5195	-0.7569	-0.8173	0.0176	0.3609	0.0396	0.0368	0.4319	-0.051	0.4423	-6.0716	-36.0741	0.4803
12	7.1509	6.5352	3.907	7.8903	5.0132	5.4603	-0.0834	-0.1601	0.153	-0.0009	-0.0515	0.3413	-0.1259	-0.1116	0.1789	0.17	0.0445	-0.0329	0.2171	-0.0048	0.2258	-0.2583	-37.8051	-2.7315
13	5.3104	-0.7744	1.4567	2.5793	-0.0694	1.6955	-0.2127	0.4923	0.3319	-0.2212	0.1942	0.2307	-0.2022	-0.0757	0.022	0.2301	-0.049	-0.0477	0.2664	0.0468	0.228	1.7662	-34.2069	-11.8548
14	6.1692	3.2927	3.1052	4.0677	5.4769	7.8866	0.0135	-0.4672	-0.1065	0.7252	-0.016	0.0465	0.2294	-0.2035	0.0321	0.2801	0.0013	-0.0069	0.326	0.0146	0.1831	9.4159	-37.8966	8.0984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 21 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 22 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 51 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 52 through 72 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 73 through 80 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 81 through 86 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 14 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 15 through 20 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 21 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 33 through 49 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 50 through 72 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 74 through 85 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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