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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h05 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of AmyP E221Q in complex with MALTOTRIOSE | |||||||||
![]() | AmyP | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-amylase / GH13_37 | |||||||||
機能・相同性 | alpha-maltotriose![]() | |||||||||
生物種 | marine metagenome (メタゲノム) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | He, C. / Liu, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a raw-starch-degrading bacterial alpha-amylase belonging to subfamily 37 of the glycoside hydrolase family GH13 著者: Liu, Y. / Yu, J. / Li, F. / Peng, H. / Zhang, X. / Xiao, Y. / He, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 404.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 325.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 97.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70526.055 Da / 分子数: 4 / 変異: E221Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) marine metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium citrate (pH 6.0), 22.5% (v/v) 2-propanol, 22.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 95440 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 1.25 / Net I/av σ(I): 11.779 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 330188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1J0H 解像度: 2.55→37.577 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.72 Å2 / Biso mean: 37.1045 Å2 / Biso min: 15.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.55→37.577 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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