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- PDB-5h05: Crystal structure of AmyP E221Q in complex with MALTOTRIOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h05
タイトルCrystal structure of AmyP E221Q in complex with MALTOTRIOSE
要素AmyP
キーワードHYDROLASE / alpha-amylase / GH13_37
機能・相同性alpha-maltotriose
機能・相同性情報
生物種marine metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者He, C. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a raw-starch-degrading bacterial alpha-amylase belonging to subfamily 37 of the glycoside hydrolase family GH13
著者: Liu, Y. / Yu, J. / Li, F. / Peng, H. / Zhang, X. / Xiao, Y. / He, C.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AmyP
B: AmyP
C: AmyP
D: AmyP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,44316
ポリマ－282,1044
非ポリマー2,33812
水7,764431
1
A: AmyP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1114
ポリマ－70,5261
非ポリマー5853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
B: AmyP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1114
ポリマ－70,5261
非ポリマー5853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
3
C: AmyP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1114
ポリマ－70,5261
非ポリマー5853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
4
D: AmyP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1114
ポリマ－70,5261
非ポリマー5853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.104, 209.894, 113.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
AmyP


分子量: 70526.055 Da / 分子数: 4 / 変異: E221Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) marine metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate (pH 6.0), 22.5% (v/v) 2-propanol, 22.5% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 95440 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 37.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 1.25 / Net I/av σ(I): 11.779 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 330188
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.55-2.643.50.6420.764199.9
2.64-2.753.50.520.832199.9
2.75-2.873.50.3860.892199.9
2.87-3.023.50.2910.934199.9
3.02-3.213.50.2250.9571100
3.21-3.463.50.1610.976199.8
3.46-3.813.40.1080.987199.7
3.81-4.363.40.0820.991199.4
4.36-5.493.40.0590.995199.5
5.49-403.50.0480.997199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155: ???精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J0H

1j0h


解像度: 2.55→37.577 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 4716 4.95 %
Rwork0.1702 --
obs0.1726 95368 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.72 Å2 / Biso mean: 37.1045 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→37.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15468 0 144 431 16043
Biso mean--34.88 36.35 -
残基数----1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93321810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0949364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5484-2.57740.3591520.2882844299694
2.5774-2.60770.3571550.271830233178100
2.6077-2.63950.31851600.267130863246100
2.6395-2.67290.33291570.262229253082100
2.6729-2.70810.32021540.257630673221100
2.7081-2.74520.31311750.248430373212100
2.7452-2.78440.27251520.222429803132100
2.7844-2.82590.27481470.208830593206100
2.8259-2.87010.26581450.220230623207100
2.8701-2.91710.26661630.212129993162100
2.9171-2.96740.28591540.202930303184100
2.9674-3.02130.23781770.196330273204100
3.0213-3.07940.27181390.192630153154100
3.0794-3.14220.24311630.195730533216100
3.1422-3.21050.26271580.192629773135100
3.2105-3.28510.24511630.181930483211100
3.2851-3.36720.25411470.181730653212100
3.3672-3.45820.24591550.184730223177100
3.4582-3.55990.22421780.168129883166100
3.5599-3.67470.2061420.154130673209100
3.6747-3.80590.18011540.144330123166100
3.8059-3.95820.191610.14373050321199
3.9582-4.13810.19581460.13962998314499
4.1381-4.3560.21381240.128530553179100
4.356-4.62840.13521670.12053000316799
4.6284-4.9850.15961690.120930393208100
4.985-5.48530.16981580.12830253183100
5.4853-6.27590.17751750.148330633238100
6.2759-7.89490.1811700.158430193189100
7.8949-37.58150.19131560.15763017317398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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