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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gwq | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of two TTTA repeats | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Minidumbbell / type II loop | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | ![]() ![]() 手法 | 溶液NMR / restrained molecular dynamics | ![]() Guo, P. / Lam, S.L. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Minidumbbell: A New Form of Native DNA Structure 著者: Guo, P. / Lam, S.L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 315.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2406.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.0 mM DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*TP*TP*A)-3'), 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM DSS, 100% D2O Label: 1H / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.02 M / Label: conditions_1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |