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- PDB-5gvy: Crystal structure of SALT protein from Oryza sativa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvy
タイトルCrystal structure of SALT protein from Oryza sativa
要素Salt stress-induced protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Salt tolerance / Rice / Mannose binding lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Salt stress-induced protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.662 Å
データ登録者Sharma, P. / Sagar, A. / Kaur, N. / Sharma, I. / Kirat, K. / Ashish, F.N.U. / Pati, P.K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural insights into rice SalTol QTL located SALT protein.
著者: Kaur, N. / Sagar, A. / Sharma, P. / Pati, P.K.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salt stress-induced protein
B: Salt stress-induced protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7804
ポリマ－30,4202
非ポリマー3602
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.291, 58.811, 51.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Salt stress-induced protein / Salt protein / Protein lectin-like / Protein mannose-binding lectin


分子量: 15210.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: SALT, ML, OsI_001780 / Variant: Pusa Basmati-1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2WPN7
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein buffer-10mM Sodium phosphate, 1.8mM Potassium phosphate, 137mM NaCl, 2.7mM KCl. Crystallization buffer-200mM NaCl, 100mM Tris pH 8.8, 25% w/v PEG 3350
PH範囲: 8-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月22日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 31076 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 6.071 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1c3m

1c3m


解像度: 1.662→25.555 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 1531 5.04 %
Rwork0.1621 --
obs0.1641 30353 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.662→25.555 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 24 418 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9123037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7091285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6617-1.71530.23421380.18852379X-RAY DIFFRACTION90
1.7153-1.77660.20931320.16812649X-RAY DIFFRACTION99
1.7766-1.84770.23871310.16792636X-RAY DIFFRACTION99
1.8477-1.93180.21241600.16332629X-RAY DIFFRACTION99
1.9318-2.03360.20321200.15342636X-RAY DIFFRACTION99
2.0336-2.16090.18791400.15912673X-RAY DIFFRACTION99
2.1609-2.32770.22881360.16622645X-RAY DIFFRACTION99
2.3277-2.56170.2611230.18182671X-RAY DIFFRACTION99
2.5617-2.93190.20741530.17792630X-RAY DIFFRACTION99
2.9319-3.69220.18971550.1562655X-RAY DIFFRACTION98
3.6922-25.55770.16421430.14692619X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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