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万見
- PDB-5gvo: Solution NMR structure of a new lasso peptide sphaericin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvo
タイトルSolution NMR structure of a new lasso peptide sphaericin
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / lasso peptide (RiPPs) / antibacterial (抗生物質) / Structure from MOLMOL (構造)
機能・相同性Putative lasso peptide
機能・相同性情報
生物種Planomonospora sphaerica (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hemmi, H. / Kodani, S. / Inoue, Y. / Suzuki, M. / Dohra, H. / Suzuki, T. / Ohnishi-Kameyama, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K01913 日本
引用ジャーナル: Eur.J.Org.Chem. / 年: 2017
タイトル: Sphaericin, a Lasso Peptide from the Rare Actinomycete Planomonospora sphaerica
著者: Kodani, S. / Inoue, Y. / Suzuki, M. / Dohra, H. / Suzuki, T. / Hemmi, H. / Ohnishi-Kameyama, M.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1761
ポリマ－2,1761
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1870 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein / sphaericin


分子量: 2175.509 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-39 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Planomonospora sphaerica (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A171DJY5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
211isotropic22D 1H-13C HSQC
221isotropic22D 1H-1H TOCSY
271isotropic12D 1H-1H TOCSY
231isotropic22D DQF-COSY
241isotropic22D 1H-1H NOESY
261isotropic12D 1H-1H NOESY
251isotropic22D 1H-13C HMBC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 10 mg/mL NA-C,H peptide, DMSO / Label: sample / 溶媒系: DMSO
試料濃度: 10 mg/mL / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: NA-C,H
試料状態イオン強度: not detected Not defined / Label: condition / PH units: Not defined / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance6001
Bruker AvanceIIIBrukerAvanceIII8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
SPARKYGoddardchemical shift assignment
TOPSPINBruker Biospin解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
SPARKYGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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