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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gvo | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of a new lasso peptide sphaericin | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / lasso peptide / antibacterial / Structure from MOLMOL | ||||||
機能・相同性 | Putative lasso peptide 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Planomonospora sphaerica (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Hemmi, H. / Kodani, S. / Inoue, Y. / Suzuki, M. / Dohra, H. / Suzuki, T. / Ohnishi-Kameyama, M. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Org.Chem. / 年: 2017 タイトル: Sphaericin, a Lasso Peptide from the Rare Actinomycete Planomonospora sphaerica 著者: Kodani, S. / Inoue, Y. / Suzuki, M. / Dohra, H. / Suzuki, T. / Hemmi, H. / Ohnishi-Kameyama, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gvo.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gvo.ent.gz | 61.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gvo_validation.pdf.gz | 378.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gvo_full_validation.pdf.gz | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gvo_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gvo_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/5gvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/5gvo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2175.509 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-39 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Planomonospora sphaerica (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A171DJY5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 10 mg/mL NA-C,H peptide, DMSO / Label: sample / 溶媒系: DMSO |
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試料 | 濃度: 10 mg/mL / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: NA-C,H |
試料状態 | イオン強度: not detected Not defined / Label: condition / PH units: Not defined / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |