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- PDB-5gvn: Plasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS653 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvn
タイトルPlasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS653
要素Serine hydroxymethyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha and beta protein / methyltransferase activity / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G6F / Chem-PLG / glycine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
Model detailsPlasmodium vivax SHMT bound with PLP-glycine and GS653
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Leartsakulpanich, U. / Schwertz, G.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
National Science and Technology Development Agency タイ
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Antimalarial Inhibitors Targeting Serine Hydroxymethyltransferase (SHMT) with in Vivo Efficacy and Analysis of their Binding Mode Based on X-ray Cocrystal Structures
著者: Schwertz, G. / Witschel, M.C. / Rottmann, M. / Bonnert, R. / Leartsakulpanich, U. / Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Ittarat, W. / Schafer, A. / Aponte, R.A. / Charman, S.A. / White, K.L. / ...著者: Schwertz, G. / Witschel, M.C. / Rottmann, M. / Bonnert, R. / Leartsakulpanich, U. / Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Ittarat, W. / Schafer, A. / Aponte, R.A. / Charman, S.A. / White, K.L. / Kundu, A. / Sadhukhan, S. / Lloyd, M. / Freiberg, G.M. / Srikumaran, M. / Siggel, M. / Zwyssig, A. / Chaiyen, P. / Diederich, F.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase, putative
B: Serine hydroxymethyltransferase, putative
C: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,11911
ポリマ－147,7473
非ポリマー2,3718
水9,278515
1
A: Serine hydroxymethyltransferase, putative
B: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0677
ポリマ－98,4982
非ポリマー1,5695
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
2
C: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子

C: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1038
ポリマ－98,4982
非ポリマー1,6046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area29870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.849, 58.799, 235.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-503-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase, putative


分子量: 49249.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_100730 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5K8L9
#2: 化合物 ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 306.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O7P
#3: 化合物 ChemComp-G6F / 3-[3-[3-[(4~{S})-6-azanyl-5-cyano-3-methyl-4-propan-2-yl-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyrazol-4-yl]-5-fluoranyl-phenyl]phenyl]propanoic acid


分子量: 460.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H25FN4O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % / Mosaicity: 0.34 °
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, 0.06-0.12 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50.01 Å / Num. obs: 61375 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.019 / Net I/av σ(I): 58.097 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.383.10.0760.992185.9
2.38-2.483.70.0570.997197.4
2.48-2.593.80.0450.998198.9
2.59-2.733.90.0340.998199.7
2.73-2.940.0260.999199.6
2.9-3.124.10.0210.999199.9
3.12-3.444.10.0170.999199.8
3.44-3.934.10.0150.999199.7
3.93-4.953.90.020.999199.6
4.95-503.70.0140.999197.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMR

4tmr


解像度: 2.3→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 9.244 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.302
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2817 6185 10.1 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
obs0.225 55180 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.1 Å2 / Biso mean: 30.404 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.03 Å2
2---0.06 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10374 0 164 515 11053
Biso mean--30.98 30.76 -
残基数----1326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910734
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.97514514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.993323841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84651323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01825.247486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.047151911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.931548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7772.9185310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7772.9175311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9474.376627
LS精密化 シェル解像度: 2.295→2.355 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 369 -
Rwork0.276 3477 -
all-3846 -
obs--81.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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