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- PDB-5guy: Structural and functional study of chuY from E. coli CFT073 strain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5guy
タイトルStructural and functional study of chuY from E. coli CFT073 strain
要素Uncharacterized protein chuY
キーワードOXIDOREDUCTASE / chuY / flavin reductase
機能・相同性NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli strain CFT073 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Kim, H. / Choi, J. / HA, S.C. / Chaurasia, A.K. / Kim, D. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional study of ChuY from Escherichia coli strain CFT073
著者: Kim, H. / Chaurasia, A.K. / Kim, T. / Choi, J. / Ha, S.C. / Kim, D. / Kim, K.K.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein chuY
B: Uncharacterized protein chuY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0652
ポリマ－46,0652
非ポリマー00
水84747
1
A: Uncharacterized protein chuY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0331
ポリマ－23,0331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein chuY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0331
ポリマ－23,0331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.686, 67.836, 64.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein chuY / Flavin reductase


分子量: 23032.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli strain CFT073 (大腸菌)
株: CFT073 / 遺伝子: chuY, c4316 / プラスミド: pET21a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0A0H2VDD2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.62 % / 解説: rectangular prism
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 50mM CaCl2, 30% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97941, 0.97955, 0.97243
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979411
20.979551
30.972431
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 13433 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.399→34.254 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.7 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1283 10.07 %
Rwork0.2084 --
obs0.2135 12738 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→34.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2776 0 0 47 2823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2673831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.575981
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3993-2.49540.26681530.19851269X-RAY DIFFRACTION95
2.4954-2.60890.27621510.22251300X-RAY DIFFRACTION96
2.6089-2.74640.29821380.23521281X-RAY DIFFRACTION96
2.7464-2.91840.25431490.2251288X-RAY DIFFRACTION96
2.9184-3.14360.24651300.23151285X-RAY DIFFRACTION96
3.1436-3.45960.30221450.2051269X-RAY DIFFRACTION95
3.4596-3.95960.23531420.20011289X-RAY DIFFRACTION95
3.9596-4.98630.21631390.1781270X-RAY DIFFRACTION93
4.9863-34.25760.28131360.22031204X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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