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- PDB-5guw: Complex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5guw
タイトルComplex of Cytochrome cd1 Nitrite Reductase and Nitric Oxide Reductase in Denitrification of Pseudomonas aeruginosa
要素
  • (Nitric oxide reductase subunit ...) x 2
  • Nitrite reductase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport ...nitric oxide reductase (cytochrome c) / nitric oxide reductase activity / hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site ...C-terminal (heme d1) domain of cytochrome cd1-nitrite reductase / Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME D / : / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN ATOM / Nitrite reductase / Nitric oxide reductase subunit C / Nitric oxide reductase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
Model detailsComplex of cd1-NiR and cNOR
データ登録者Terasaka, E. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Tosha, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
KAKENHIJP26220807 日本
KAKENHIJP26620140
引用
#1: ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structural basis of biological N2O generation by bacterial nitric oxide reductase.
著者: Hino, T. / Matsumoto, Y. / Nagano, S. / Sugimoto, H. / Fukumori, Y. / Murata, T. / Iwata, S. / Shiro, Y.
#2: ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of quinol-dependent nitric oxide reductase from Geobacillus stearothermophilus.
著者: Matsumoto, Y. / Tosha, T. / Pisliakov, A.V. / Hino, T. / Sugimoto, H. / Nagano, S. / Sugita, Y. / Shiro, Y.
#3: ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structures of reduced and ligand-bound nitric oxide reductase provide insights into functional differences in respiratory enzymes.
著者: Sato, N. / Ishii, S. / Sugimoto, H. / Hino, T. / Fukumori, Y. / Sako, Y. / Shiro, Y. / Tosha, T.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide reductase subunit C
B: Nitric oxide reductase subunit B
C: Nitric oxide reductase subunit C
D: Nitric oxide reductase subunit B
M: Nitrite reductase
N: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,80927
ポリマ－262,6536
非ポリマー8,15621
水61334
1
A: Nitric oxide reductase subunit C
B: Nitric oxide reductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0539
ポリマ－68,5902
非ポリマー2,4627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
2
C: Nitric oxide reductase subunit C
D: Nitric oxide reductase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,55110
ポリマ－68,5902
非ポリマー2,9618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
3
M: Nitrite reductase
N: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2058
ポリマ－125,4722
非ポリマー2,7336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12010 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area37740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.871, 128.606, 127.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13M
23N

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEGLYGLYAA5 - 1465 - 146
21PHEPHEGLYGLYCC5 - 1465 - 146
12PHEPHEPHEPHEBB10 - 45810 - 458
22PHEPHEPHEPHEDD10 - 45810 - 458
13ALAALATYRTYRME6 - 54331 - 568
23ALAALATYRTYRNF6 - 54331 - 568

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
Nitric oxide reductase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit C / NOR small subunit / Nitric oxide reductase cytochrome c subunit


分子量: 16374.622 Da / 分子数: 2 / 断片: Nitric oxide reductase subunit c / 変異: K100N / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ? / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1 / 参照: UniProt: Q59646
#2: タンパク質 Nitric oxide reductase subunit B / NOR large subunit / Nitric oxide reductase cytochrome b subunit


分子量: 52215.871 Da / 分子数: 2 / 断片: Nitric oxide reductase subunit b / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1
参照: UniProt: Q59647, nitric oxide reductase (cytochrome c)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 MN

#3: タンパク質 Nitrite reductase / Cytochrome cd1 / Cytochrome oxidase / Hydroxylamine reductase


分子量: 62736.094 Da / 分子数: 2 / 断片: cd1 nitrite reductase / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1
参照: UniProt: P24474, nitrite reductase (NO-forming), hydroxylamine reductase
#6: 糖 ChemComp-10M / decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside / (2R,3R,4S,5S,6R)-2-((2R,3S,4R,5R,6S)-6-Decylsulfanyl-4,5-dihydroxy-2-hydroxymethyl-tetrahydro-pyran-3-yloxy)-6-hydroxymethyl-tetrahydro-pyran-3,4,5-triol, n-Decyl-beta-D-thiomaltoside / デシルβ-D-チオマルトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 498.628 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O10S / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 52分子

#4: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#9: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / 水


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#10: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE RESIDUE 301 ARG IN UNP Q59647 IS MISSING IN THE STRUCTURE ACCORDING TO AUTHORS' SEQUENCING DATA.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 % / Mosaicity: 0.656 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, 0.2M CsCl, 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 56669 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.861 / Net I/av σ(I): 10.448 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 199694
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.2-3.313.30.6470.659198.2
3.31-3.453.40.4960.792198.4
3.45-3.63.40.3850.87198.6
3.6-3.793.50.3050.906198.8
3.79-4.033.50.2150.952199
4.03-4.343.60.1430.977199
4.34-4.783.60.1010.989199.2
4.78-5.473.60.0860.99199.2
5.47-6.893.60.0750.99199.3
6.89-503.70.0240.999197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Coot0.7モデル構築
PHENIX1.1位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O0R, 1NIR

3o0r

1nir


解像度: 3.2→49.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 46.376 / SU ML: 0.366 / SU R Cruickshank DPI: 0.4498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2551 5.1 %RANDOM
Rwork0.2097 ---
obs0.2119 47760 87.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.6 Å2 / Biso mean: 67.021 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å22.33 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17804 0 549 34 18387
Biso mean--53.48 32.98 -
残基数----2258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0218968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0217914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5462.04325887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8893.01940866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23552252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3223.385780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.242152942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8141594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02121446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024454
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A78540.07
12C78540.07
21B287100.07
22D287100.07
31M336190.09
32N336190.09
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 80 -
Rwork0.293 1441 -
all-1521 -
obs--36.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
124.263917.736-4.05731.6796-6.89461.50451.7588-3.1362-0.626-0.3068-1.7948-0.04850.02070.42320.0360.7146-0.214-0.27211.0431-0.26660.406673.067836.79079.4573
215.9296-8.662619.51914.8984-10.969124.6643-0.053-0.3666-0.94040.31210.4550.1847-0.7243-0.5997-0.4020.7075-0.1447-0.33290.994-0.17260.993667.869933.396815.9518
32.1536-0.12464.97810.0134-0.304711.5635-0.26310.37020.02670.05230.0199-0.0442-0.7150.80880.24320.437-0.0177-0.09280.73-0.13790.757959.67737.128926.2518
42.7843.76633.5075.15124.77344.44170.1897-0.1795-0.17890.1946-0.0132-0.27530.1815-0.1253-0.17650.57130.11870.09561.0873-0.07210.493149.631838.948536.2828
51.523-0.2523-2.72330.05740.47534.91440.56750.52140.2261-0.0261-0.0429-0.1289-0.8524-0.9551-0.52460.7102-0.0182-0.22940.8379-0.15590.599136.220138.556340.2358
65.031-0.2548-1.97110.07210.38433.09950.2383-0.38650.1247-0.0942-0.0444-0.0034-0.02970.1292-0.19390.55490.02490.0010.3373-0.02750.295227.264434.751925.2828
79.382-1.8665-2.49728.9-3.409359.42820.6488-0.44780.27280.272-0.0886-0.3349-1.2429-1.9077-0.56020.43570.0330.08620.35350.06230.440117.812144.277533.1091
82.49460.1929-0.36012.04890.5480.21840.1070.1248-0.18560.3755-0.21390.37260.0604-0.08150.10690.43950.04080.06920.47950.04870.270115.613632.849125.7259
97.8663-8.7333-3.6859.69774.0931.73580.3326-0.04850.7618-0.34980.0273-0.8376-0.2032-0.0354-0.35990.7699-0.01480.20810.5512-0.13030.290631.960843.934732.5048
102.0567-0.168512.27780.0141-1.000673.43470.22190.11540.0107-0.0288-0.0029-0.01161.02290.58-0.2190.60230.17540.310.2160.22561.243326.366550.670423.9034
111.3637-0.0984-0.53740.26040.05331.1775-0.1480.0575-0.34480.12670.0669-0.00970.18070.05980.08110.44860.0203-0.05340.3066-0.06070.381441.479819.264510.1701
123.93630.0057-0.56190.08070.1110.29790.0166-0.9523-0.14240.13360.0247-0.04110.17350.3646-0.04130.41060.0591-0.09440.7128-0.01640.287746.052528.858923.3342
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687.98021.6032-4.96080.6488-2.714512.1268-0.2943-0.15870.1009-0.05820.0238-0.04090.1887-0.13790.27050.36820.0384-0.0420.2059-0.04610.2693-4.3113.54872.125
6922.8733.56723.020111.6381-0.032816.79940.31290.273-0.70520.11770.0850.1044-0.9796-0.056-0.39780.27090.0224-0.06290.15850.00320.2312-0.06829.62828.799
7011.85737.2851-4.251211.06453.17376.91520.08120.51950.4173-0.30320.25580.2978-0.3666-0.4512-0.33690.2865-0.0262-0.08130.3868-0.00540.3891-13.20214.16523.363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 15
3X-RAY DIFFRACTION3A16 - 27
4X-RAY DIFFRACTION4A28 - 35
5X-RAY DIFFRACTION5A36 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6A48 - 83
7X-RAY DIFFRACTION7A84 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8A92 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9A129 - 140
10X-RAY DIFFRACTION10A141 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11B10 - 172
12X-RAY DIFFRACTION12B173 - 209
13X-RAY DIFFRACTION13B210 - 237
14X-RAY DIFFRACTION14B238 - 275
15X-RAY DIFFRACTION15B276 - 302
16X-RAY DIFFRACTION16B303 - 313
17X-RAY DIFFRACTION17B314 - 344
18X-RAY DIFFRACTION18B345 - 380
19X-RAY DIFFRACTION19B381 - 389
20X-RAY DIFFRACTION20B390 - 458
21X-RAY DIFFRACTION21C5 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22C11 - 18
23X-RAY DIFFRACTION23C19 - 28
24X-RAY DIFFRACTION24C29 - 37
25X-RAY DIFFRACTION25C38 - 49
26X-RAY DIFFRACTION26C50 - 83
27X-RAY DIFFRACTION27C84 - 89
28X-RAY DIFFRACTION28C90 - 117
29X-RAY DIFFRACTION29C118 - 133
30X-RAY DIFFRACTION30C134 - 146
31X-RAY DIFFRACTION31D10 - 116
32X-RAY DIFFRACTION32D117 - 130
33X-RAY DIFFRACTION33D131 - 229
34X-RAY DIFFRACTION34D230 - 242
35X-RAY DIFFRACTION35D243 - 275
36X-RAY DIFFRACTION36D276 - 295
37X-RAY DIFFRACTION37D296 - 329
38X-RAY DIFFRACTION38D330 - 380
39X-RAY DIFFRACTION39D381 - 429
40X-RAY DIFFRACTION40D430 - 458
41X-RAY DIFFRACTION41M6 - 37
42X-RAY DIFFRACTION42M38 - 93
43X-RAY DIFFRACTION43M94 - 101
44X-RAY DIFFRACTION44M102 - 124
45X-RAY DIFFRACTION45M125 - 216
46X-RAY DIFFRACTION46M217 - 243
47X-RAY DIFFRACTION47M244 - 389
48X-RAY DIFFRACTION48M390 - 441
49X-RAY DIFFRACTION49M442 - 480
50X-RAY DIFFRACTION50M481 - 543
51X-RAY DIFFRACTION51N6 - 27
52X-RAY DIFFRACTION52N28 - 115
53X-RAY DIFFRACTION53N116 - 131
54X-RAY DIFFRACTION54N132 - 155
55X-RAY DIFFRACTION55N156 - 211
56X-RAY DIFFRACTION56N212 - 265
57X-RAY DIFFRACTION57N266 - 337
58X-RAY DIFFRACTION58N338 - 371
59X-RAY DIFFRACTION59N372 - 507
60X-RAY DIFFRACTION60N508 - 543
61X-RAY DIFFRACTION61A201
62X-RAY DIFFRACTION62B801
63X-RAY DIFFRACTION63B802
64X-RAY DIFFRACTION64C201
65X-RAY DIFFRACTION65D801
66X-RAY DIFFRACTION66D802
67X-RAY DIFFRACTION67M601
68X-RAY DIFFRACTION68M602
69X-RAY DIFFRACTION69N601
70X-RAY DIFFRACTION70N602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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