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- PDB-5gte: Crystal structure of onion lachrymatory factor synthase (LFS), so... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gte
タイトルCrystal structure of onion lachrymatory factor synthase (LFS), solute-free form
要素Lachrymatory-factor synthase
キーワードISOMERASE / SRPBCC / helix-grip fold / cytosolic
機能・相同性lachrymatory-factor synthase / : / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / vacuole / START-like domain superfamily / isomerase activity / trehalose / Lachrymatory-factor synthase
機能・相同性情報
生物種Allium cepa (タマネギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Takabe, J. / Arakawa, T. / Masamura, N. / Tsuge, N. / Imai, S. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS 日本
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Dissecting the Stereocontrolled Conversion of Short-Lived Sulfenic Acid by Lachrymatory Factor Synthase
著者: Arakawa, T. / Sato, Y. / Yamada, M. / Takabe, J. / Moriwaki, Y. / Masamura, N. / Kato, M. / Aoyagi, M. / Kamoi, T. / Terada, T. / Shimizu, K. / Tsuge, N. / Imai, S. / Fushinobu, S.
履歴
登録2016年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _refine_hist.d_res_high
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lachrymatory-factor synthase
B: Lachrymatory-factor synthase
C: Lachrymatory-factor synthase
D: Lachrymatory-factor synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3499
ポリマ－79,6224
非ポリマー7275
水6,341352
1
A: Lachrymatory-factor synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3443
ポリマ－19,9061
非ポリマー4382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA
2
B: Lachrymatory-factor synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0022
ポリマ－19,9061
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7190 Å2
手法PISA
3
C: Lachrymatory-factor synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0022
ポリマ－19,9061
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
4
D: Lachrymatory-factor synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0022
ポリマ－19,9061
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.123, 118.656, 124.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Lachrymatory-factor synthase


分子量: 19905.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Allium cepa (タマネギ) / 遺伝子: LFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI
参照: UniProt: P59082, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, MES / PH範囲: 6.0 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月28日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 66057 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GTF

5gtf


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.484 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23327 3213 4.9 %RANDOM
Rwork0.19093 ---
obs0.19299 62844 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4870 0 43 352 5265
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0195042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.946824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863310771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8725602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.74725.13230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.09315883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7941510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3082.692414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2992.6892413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0954.0173011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0954.0183012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8423.1742628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8413.1712625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.774.5643807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.31123.2736210
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.21522.9556065
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.996→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 231 -
Rwork0.304 4502 -
obs--97.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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