PDB-5gt8: Crystal Structure of apo-CASTOR1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gt8

タイトル

Crystal Structure of apo-CASTOR1

要素

(GATS-like protein 3) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / arginine binding / mTOR / CASTOR1 / GATOR2 / ACT domain / GATSL2

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to L-arginine / molecular sensor activity / Amino acids regulate mTORC1 / arginine binding / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Guo, L. / Deng, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of arginine sensor CASTOR1 in arginine-bound and ligand free states
著者: Zhou, Y. / Wang, C. / Xiao, Q. / Guo, L.

履歴

登録	2016年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gt8.cif.gz	605.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gt8.ent.gz	509.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gt8_validation.pdf.gz	462 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gt8_full_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示
XML形式データ	5gt8_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	5gt8_validation.cif.gz	49.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/5gt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gt7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gs9-1 5gt7-2 5i2c-1 5i2c-2 2eg4-d 5gs9-2 3rfh-1 4c0e-4 4c0e-3 6gcb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GATS-like protein 3

C: GATS-like protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.410, 142.600, 95.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GATS-like protein 3 / Cellular arginine sensor for mTORC1 protein 1 / CASTOR1 分子量: 36850.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATSL3, CASTOR1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WTX7
#2: タンパク質	GATS-like protein 3 / Cellular arginine sensor for mTORC1 protein 1 / CASTOR1 分子量: 36892.914 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues A285I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATSL3, CASTOR1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WTX7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 21%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris pH 5.0, 0.2M MgCl2, 0.2% n- dodecyl- N, N- dimethylamine-N-oxide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→142.598 Å / Num. obs: 34540 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.72 % / B_iso Wilson estimate: 54.79 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.89

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.86	0.59	2.11	0.885	1	96.2
2.86-3.06	0.355	3.58	0.957	1	99.9
3.06-3.3	0.204	6.51	0.979	1	99.7
3.3-3.62	0.121	10.45	0.992	1	99.1
3.62-4.05	0.086	14.67	0.995	1	99.3
4.05-4.67	0.054	22.09	0.997	1	99.2
4.67-5.72	0.044	26.42	0.997	1	99.3
5.72-8.08	0.039	27.12	0.998	1	99.2
8.08-142.598	0.022	39.02	0.999	1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155: ???	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GT7

5gt7

解像度: 2.8→47.41 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 31.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	1795	5.78 %
R_work	0.243	-	-
obs	0.244	31076	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8232	0	0	44	8276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.59	11500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.205	5004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8757	0.3436	139	0.2981	2203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8757-2.9603	0.3446	139	0.3044	2284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9603-3.0559	0.3539	133	0.3198	2217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0559-3.1651	0.3624	140	0.281	2265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1651-3.2918	0.2828	129	0.2819	2242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2918-3.4415	0.2836	137	0.2612	2246	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4415-3.6229	0.306	141	0.2487	2256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6229-3.8498	0.2992	136	0.2479	2255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8498-4.1469	0.2776	140	0.2388	2225	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1469-4.5639	0.226	137	0.2044	2283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5639-5.2236	0.1853	141	0.1921	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2236-6.5784	0.2797	138	0.2443	2277	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5784-47.4163	0.2251	145	0.2389	2269	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.339	1.1828	1.5316	3.508	1.7945	10.0716	-0.1248	0.6648	0.1529	-0.0382	0.2772	0.2199	-0.6951	-0.2089	-0.1256	0.3889	0.0813	0.0352	0.4852	0.0531	0.2965	-17.5012	-25.7813	-23.4508
2	3.7969	-0.9003	-0.6921	1.9564	0.6118	4.3301	-0.0539	1.0054	-0.1027	0.0774	0.0377	0.0672	0.3659	-0.05	0.0139	0.412	-0.0424	0.0772	0.7728	-0.0194	0.3107	-14.1535	-34.4496	-23.4914
3	7.5357	-0.9921	-3.0105	2.3659	1.3773	4.3976	-0.1428	0.5496	-0.2814	0.1207	0.0782	-0.2643	0.1021	0.7029	0.0276	0.3362	0.0083	-0.0425	0.7515	-0.0311	0.3207	-3.0691	-33.8279	-24.296
4	5.34	-0.557	-2.2517	3.7277	0.9918	8.76	-0.2524	-0.4729	-0.0298	0.0296	0.1932	0.1705	1.0002	-0.1239	0.022	0.4854	-0.0619	-0.0143	0.4628	0.0517	0.3105	-18.1534	-71.9775	-15.4131
5	2.1381	1.2399	-0.3969	1.572	-0.8831	7.5412	-0.1269	-0.3701	0.2938	0.0525	0.1125	-0.0974	0.3936	0.5696	-0.0416	0.5695	0.0307	-0.0799	0.4476	-0.0796	0.258	-11.3263	-61.8951	-21.4455
6	6.6505	0.6839	0.257	2.0314	1.3152	6.2676	0.0023	-1.087	-0.0046	-0.1713	0.0967	-0.2906	-0.0718	1.1912	-0.102	0.3912	-0.026	-0.0003	0.7336	-0.0804	0.3374	-3.6505	-63.5757	-15.6146
7	5.047	-0.4208	0.1548	2.6966	-1.9895	9.3279	0.0677	-1.3876	0.067	0.2936	-0.0221	-0.1845	-0.9136	1.159	0.0674	0.739	-0.0269	-0.037	1.122	-0.0999	0.352	-10.0495	-26.3322	21.8535
8	0.3917	0.0633	-0.0906	3.3899	1.1333	5.6976	0.0959	-0.5408	-0.2711	0.0243	0.2762	0.3443	0.2829	-1.2651	-0.3177	0.8186	0.0615	0.1736	0.8854	0.1558	0.4332	-21.4874	-35.9563	11.6445
9	3.6939	1.2909	-1.8385	1.6591	-3.3717	5.9197	0.1774	-0.9919	-0.2828	0.3314	-0.3129	0.026	0.0624	-0.4992	0.2268	0.9407	0.2334	0.0809	1.6707	0.136	0.3359	-26.3574	-33.4755	25.6397
10	5.1434	-1.0634	0.2528	2.9752	-0.5619	7.3641	0.0984	1.181	0.0394	0.2524	-0.1764	-0.0324	0.4973	0.7318	0.1026	0.6566	-0.0619	-0.1045	0.8877	-0.0845	0.3139	-10.8039	-70.6577	34.3528
11	3.7674	-0.4085	0.901	1.5016	0.3836	6.7393	0.3061	0.0375	0.2312	0.1167	-0.0813	0.2738	-0.4876	-1.2837	-0.1514	0.5549	0.0035	-0.1011	0.5873	0.0833	0.4125	-20.8795	-59.2682	42.2689
12	1.0121	-1.7118	-1.2126	5.8786	-1.5893	3.2966	0.1452	0.8758	-0.2528	-0.1634	0.2016	0.1845	0.1926	-0.1998	-0.3781	0.4253	-0.1532	-0.151	1.3377	-0.079	0.6079	-26.7852	-67.6243	27.8252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 137 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 138 THROUGH 206 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 207 THROUGH 323 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 147 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 148 THROUGH 206 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 207 THROUGH 321 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 0 THROUGH 152 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 153 THROUGH 248 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 249 THROUGH 323 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 147 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'D' AND (RESID 148 THROUGH 263 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'D' AND (RESID 264 THROUGH 319 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)