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- PDB-5gsb: Mouse MHC class I H-2Kd with a MERS-CoV-derived peptide 37-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gsb
タイトルMouse MHC class I H-2Kd with a MERS-CoV-derived peptide 37-3
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
  • MERS-CoV peptide 37-3
キーワードIMMUNE SYSTEM / mouse / H-2Kd / MERS-CoV / T-cell
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein binding / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion ...antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein binding / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / membrane fusion / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Liu, K. / Chai, Y. / Qi, J. / Tan, W. / Liu, W.J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2017
タイトル: Protective T Cell Responses Featured by Concordant Recognition of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus-Derived CD8+ T Cell Epitopes and Host MHC.
著者: Liu, W.J. / Lan, J. / Liu, K. / Deng, Y. / Yao, Y. / Wu, S. / Chen, H. / Bao, L. / Zhang, H. / Zhao, M. / Wang, Q. / Han, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Zhao, J. / Meng, S. / Qin, C. / Gao, G.F. / Tan, W.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: MERS-CoV peptide 37-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9663
ポリマ－44,9663
非ポリマー00
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.225, 76.039, 122.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-D alpha chain / H-2K(D)


分子量: 31995.529 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01902
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド MERS-CoV peptide 37-3


分子量: 1222.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
参照: UniProt: K9N5Q8*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5 , 16% w v Polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 274523 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 20.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CNSデータ削減
CNSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.801→47.666 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2216 2203 5.04 %
Rwork0.193 --
obs0.1944 43677 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→47.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3170 0 0 358 3528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1714439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0841192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.801-1.84020.27881320.24332465X-RAY DIFFRACTION96
1.8402-1.8830.2341610.21492572X-RAY DIFFRACTION100
1.883-1.93010.23531360.20742599X-RAY DIFFRACTION100
1.9301-1.98230.24981210.19832575X-RAY DIFFRACTION100
1.9823-2.04060.27271370.19342579X-RAY DIFFRACTION100
2.0406-2.10650.24011430.22591X-RAY DIFFRACTION100
2.1065-2.18180.22031230.20222618X-RAY DIFFRACTION100
2.1818-2.26910.23051520.1932576X-RAY DIFFRACTION100
2.2691-2.37240.25221390.20662611X-RAY DIFFRACTION100
2.3724-2.49750.24171280.2112610X-RAY DIFFRACTION100
2.4975-2.65390.26171230.21112630X-RAY DIFFRACTION100
2.6539-2.85880.24081240.21532638X-RAY DIFFRACTION100
2.8588-3.14640.22781540.20412644X-RAY DIFFRACTION100
3.1464-3.60160.21711430.19092613X-RAY DIFFRACTION99
3.6016-4.53710.20321470.16732581X-RAY DIFFRACTION97
4.5371-47.68320.18011400.17612572X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.6737 Å / Origin y: 4.3112 Å / Origin z: -8.2453 Å
111213212223313233
T0.2217 Å20.0003 Å2-0.0032 Å2-0.2214 Å2-0.0151 Å2--0.2449 Å2
L0.5282 °2-0.0556 °20.0818 °2-0.4184 °20.0952 °2--1.0369 °2
S0.0169 Å °0.0541 Å °-0.0542 Å °-0.0334 Å °0.0067 Å °-0.0159 Å °0.1187 Å °0.0257 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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