PDB-5gs9: Crystal structure of CASTOR1-arginine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gs9

タイトル

Crystal structure of CASTOR1-arginine

要素

GATS-like protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / arginine binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to L-arginine / small molecule sensor activity / Amino acids regulate mTORC1 / arginine binding / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / protein sequestering activity / cellular response to amino acid starvation / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zhang, T. / Ding, J.

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2016
タイトル: Structural insight into the arginine-binding specificity of CASTOR1 in amino acid-dependent mTORC1 signaling.
著者: Xia, J. / Wang, R. / Zhang, T. / Ding, J.

履歴

登録	2016年8月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gs9.cif.gz	480.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gs9.ent.gz	397.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gs9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gs9_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gs9_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	5gs9_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	5gs9_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/5gs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/5gs9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5gt7-2 5i2c-2 5i2c-1 5gt8-1 3rfh-1 5gt7-1 1o4z-2 3ap3-2 4c0e-4 3t59-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.644, 83.564, 97.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GATS-like protein 3 / Cellular arginine sensor for mTORC1 protein 1 / CASTOR1 分子量: 37380.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATSL3, CASTOR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q8WTX7
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M sodium citrate (pH 5.0), 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50.01 Å / Num. obs: 47062 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/av σ(I): 15.857 / Net I/σ(I): 4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	6.2	0.495	0.872	1	99.7
2.59-2.69	6.7	0.399	0.919	1	99.9
2.69-2.82	6.6	0.299	0.949	1	100
2.82-2.96	6.9	0.218	0.975	1	100
2.96-3.15	7	0.171	0.983	1	100
3.15-3.39	6.7	0.121	0.99	1	99.9
3.39-3.73	6.8	0.095	0.994	1	100
3.73-4.27	7	0.072	0.996	1	100
4.27-5.38	6.8	0.053	0.997	1	100
5.38-50	6.6	0.043	0.999	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0123	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 20.935 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2238	2360	5 %	RANDOM
R_work	0.1754	-	-	-
obs	0.1778	44415	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.09 Å² / B_iso mean: 52.176 Å² / B_iso min: 23.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9249	0	0	314	9563
B_iso mean	-	-	-	47.52	-
残基数	-	-	-	-	1179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	9513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.971	12953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.144	5	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.962	23.317	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.619	15	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.132	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.292	4.636	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.705	6.926	5829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.413	4.805	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.48	3	9513
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	34.63	5	97
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	23.185	5	9514

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	158	-
R_work	0.258	3290	-
all	-	3448	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0508	-0.0047	0.0201	0.0899	-0.0281	0.0912	0.0007	-0.0036	0.0032	-0.0003	0.0007	0.0018	0.0001	-0.0031	-0.0014	0.046	0.0011	0.0173	0.1136	-0.0008	0.0068	-24.0541	5.1965	-31.7678
2	0.0799	0.0332	-0.0392	0.106	-0.054	0.0961	-0.003	-0.0031	-0.0002	0.0007	0.0038	0.0012	0.0046	-0.0041	-0.0008	0.0489	-0.0009	0.019	0.115	0.0007	0.0074	-55.6675	-13.6741	-3.7237
3	0.1227	0.0105	0.0214	0.0302	-0.0117	0.1135	-0.0012	0.0039	0.0062	0.0029	-0.0003	0.0045	-0.0175	-0.01	0.0015	0.0508	0.0003	0.0156	0.1063	-0.0037	0.0061	-15.77	-24.981	17.2024
4	0.0167	-0.0122	0.0192	0.0905	0.0011	0.3172	-0.0013	0.0022	0.0005	0.0021	0.0025	-0.0114	0.006	0.0226	-0.0012	0.0401	-0.0033	0.0166	0.1136	-0.0009	0.0086	-0.2292	-26.5523	-26.2891

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 324
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 323
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 323
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 323

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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