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- PDB-5grk: Crystal structure of Uracil DNA glycosylase -Xanthine complex fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5grk
タイトルCrystal structure of Uracil DNA glycosylase -Xanthine complex from Bradyrhizobium diazoefficiens
要素Blr0248 protein
キーワードHYDROLASE / Uracil DNA glycosylase (UDG) Bradyrhizobium diazoefficiens / nitrogen fixing symbiont / DNA repair / Xanthine.
機能・相同性Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / XANTHINE / Blr0248 protein
機能・相同性情報
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Patil, V.V. / Ullas, V.C. / Ahn, W. / Varshney, U. / Woo, E.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Uracil DNA glycosylase (UDG) activities in Bradyrhizobium diazoefficiens: characterization of a new class of UDG with broad substrate specificity
著者: Chembazhi, U.V. / Patil, V.V. / Sah, S. / Reeve, W. / Tiwari, R.P. / Woo, E. / Varshney, U.
#1: ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2015
タイトル: A unique uracil-DNA binding protein of the uracil DNA glycosylase superfamily
著者: Sang, P.B. / Srinath, T. / Patil, A.G. / Woo, E. / Varshney, U.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blr0248 protein
B: Blr0248 protein
C: Blr0248 protein
D: Blr0248 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5128
ポリマ－118,9034
非ポリマー6084
水00
1
A: Blr0248 protein
B: Blr0248 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7564
ポリマ－59,4522
非ポリマー3042
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
2
C: Blr0248 protein
D: Blr0248 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7564
ポリマ－59,4522
非ポリマー3042
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.023, 89.894, 255.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Blr0248 protein / UDG / Uracil DNA glycosylase


分子量: 29725.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
株: USDA 110 / 遺伝子: blr0248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89XR0
#2: 化合物
ChemComp-XAN / XANTHINE / キサンチン


分子量: 152.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20% PEG3350, 200 mM sodium citrate, 100 mM sodium citrate/citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.804→47.174 Å / Num. obs: 40422 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 15.13
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.804→47.174 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 1996 4.95 %
Rwork0.2201 --
obs0.2214 40340 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→47.174 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8396 0 44 0 8440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81911846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3263096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8042-2.87430.40691390.29472672X-RAY DIFFRACTION100
2.8743-2.9520.30131400.29292677X-RAY DIFFRACTION100
2.952-3.03880.3651410.28162725X-RAY DIFFRACTION100
3.0388-3.13690.28891390.27592685X-RAY DIFFRACTION100
3.1369-3.2490.28961420.27512712X-RAY DIFFRACTION100
3.249-3.3790.31381420.25972714X-RAY DIFFRACTION100
3.379-3.53280.28031410.2512716X-RAY DIFFRACTION100
3.5328-3.7190.24581430.22272736X-RAY DIFFRACTION100
3.719-3.95190.24961430.2152737X-RAY DIFFRACTION100
3.9519-4.25680.17031410.17982729X-RAY DIFFRACTION100
4.2568-4.68480.19521440.16732766X-RAY DIFFRACTION100
4.6848-5.36190.19951440.17262780X-RAY DIFFRACTION100
5.3619-6.75230.20861450.19872796X-RAY DIFFRACTION100
6.7523-47.1810.20891520.20332899X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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