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万見
- PDB-5gqt: Crystal structure of a specifier Protein from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gqt
タイトルCrystal structure of a specifier Protein from Arabidopsis thaliana
要素Nitrile-specifier protein 1
キーワードPLANT PROTEIN / beta sheet / beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile biosynthetic process / response to herbivore / glucosinolate catabolic process / enzyme regulator activity / carbohydrate binding / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrile-specifier protein 1/2/3 / Galactose oxidase, central domain / Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. ...Nitrile-specifier protein 1/2/3 / Galactose oxidase, central domain / Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitrile-specifier protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.022 Å
データ登録者Zhang, W. / Feng, Y.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the nitrile-specifier protein NSP1 from Arabidopsis thaliana
著者: Zhang, W. / Zhou, Y. / Wang, K. / Dong, Y. / Wang, W. / Feng, Y.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile-specifier protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8011
ポリマ－52,8011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)120.902, 120.902, 123.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Nitrile-specifier protein 1 / AtNSP1 / Jacalin-related lectin 28


分子量: 52800.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NSP1, JAL28, At3g16400, MDC8.2, T02O04.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SDM9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.98 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: ammonium acetate, bis-tris propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→50 Å / Num. obs: 20806 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / Net I/σ(I): 19.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.022→37.673 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 30.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 931 4.92 %
Rwork0.227 --
obs0.229 18913 48.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.022→37.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3542 0 0 0 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4384908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2351245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0218-3.1810.3164730.27921359X-RAY DIFFRACTION26
3.181-3.38020.344960.27151964X-RAY DIFFRACTION37
3.3802-3.6410.33551490.26892725X-RAY DIFFRACTION51
3.641-4.00710.2751360.26222807X-RAY DIFFRACTION52
4.0071-4.5860.21961600.18762801X-RAY DIFFRACTION53
4.586-5.77450.22611490.19762885X-RAY DIFFRACTION54
5.7745-37.67560.28291680.22743441X-RAY DIFFRACTION64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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