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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5go5 | ||||||
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タイトル | Structure of sortase E from Streptomyces avermitilis | ||||||
要素 | sortase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta barrel / sortase-fold / cysteine transpeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avermitilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Das, S. / Pawale, V.S. / Dadireddy, V. / Roy, R.P. / Ramakumar, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Structure and specificity of a new class of Ca2+-independent housekeeping sortase from Streptomyces avermitilis provide insights into its non-canonical substrate preference. 著者: Das, S. / Pawale, V.S. / Dadireddy, V. / Singh, A.K. / Ramakumar, S. / Roy, R.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5go5.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5go5.ent.gz | 33.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5go5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5go5_validation.pdf.gz | 444.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5go5_full_validation.pdf.gz | 444.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5go5_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5go5_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5go5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/5go5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3rccS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22404.352 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 51-230 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (strain ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NBRC 14893 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680) (バクテリア) 株: ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NBRC 14893 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680 遺伝子: SAVERM_4333 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q82FC3 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GLY / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.75 / 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M citric acid pH 3.75 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95372 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→42.92 Å / Num. obs: 24903 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RCC 解像度: 1.65→42.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.343 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→42.92 Å
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拘束条件 |
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