PDB-5gms: Crystal structure of the mutant S202W/I203F of the esterase E40

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gms

タイトル

Crystal structure of the mutant S202W/I203F of the esterase E40

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, Y.-Z. / Li, P.-Y.

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into the Improvement of the Halotolerance of a Marine Microbial Esterase by Increasing Intra- and Interdomain Hydrophobic Interactions.
著者: Li, P.Y. / Zhang, Y. / Xie, B.B. / Zhang, Y.Q. / Hao, J. / Wang, Y. / Wang, P. / Li, C.Y. / Qin, Q.L. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Shi, M. / Zhang, Y.Z. / Chen, X.L.

履歴

登録	2016年7月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gms.cif.gz	254.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gms.ent.gz	205.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gms.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gms_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gms_full_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示
XML形式データ	5gms_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	5gms_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gms	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gmrC 4xvcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2c8z-d 1hxf-d 2c8w-d 4yes-d 1aix-d 2bxt-d 1way-d 1wbg-d 8kme-d 2zfq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Esterase

B: Esterase

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Esterase

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Esterase

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.108, 144.845, 96.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Esterase / Esterase E40 分子量: 34070.859 Da / 分子数: 2 / 変異: S202W, I203F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6WGE1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M imidazole (pH 7.0), 50% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 69213 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 77.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PHENIX		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XVC

4xvc

解像度: 1.7→42.557 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1796	3434	5.06 %
R_work	0.1619	-	-
obs	0.1628	67899	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / B_sol: 46.147 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7364 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.9201 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.6565 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.557 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4534	0	0	482	5016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.445	6370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.876	1722
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	706
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7002-1.7235	0.1858	106	0.1898	2492	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7235-1.7481	0.2538	119	0.1863	2528	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7481-1.7742	0.2054	131	0.1778	2512	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7742-1.8019	0.1993	136	0.1821	2512	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8019-1.8314	0.173	132	0.1674	2513	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8314-1.863	0.1975	144	0.1653	2521	X-RAY DIFFRACTION	97
1.863-1.8969	0.2058	138	0.1639	2511	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8969-1.9334	0.1852	142	0.1605	2522	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9334-1.9728	0.1624	146	0.1635	2528	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9728-2.0157	0.1707	130	0.1582	2569	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0157-2.0626	0.2053	123	0.159	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0626-2.1142	0.1835	140	0.1616	2563	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1142-2.1714	0.1775	153	0.1571	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1714-2.2353	0.1805	143	0.1544	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2353-2.3074	0.179	125	0.1554	2589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3074-2.3899	0.1789	146	0.1551	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3899-2.4855	0.1722	129	0.1604	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4855-2.5987	0.1644	132	0.1566	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5987-2.7356	0.2125	133	0.1576	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7356-2.907	0.1653	137	0.1634	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.907-3.1314	0.1996	142	0.1623	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1314-3.4464	0.1623	135	0.1589	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4464-3.9448	0.1632	144	0.1455	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9448-4.9688	0.1553	172	0.1509	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9688-42.5708	0.2047	156	0.1933	2676	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -18.8437 Å / Origin y: 16.5523 Å / Origin z: 18.0881 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0879 Å²	0.0134 Å²	-0.0018 Å²	-	0.1278 Å²	-0.0219 Å²	-	-	0.1107 Å²
L	0.2861 °²	0.0347 °²	0.1679 °²	-	0.3218 °²	0.0897 °²	-	-	0.3423 °²
S	-0.0147 Å °	-0.0419 Å °	0.0486 Å °	-0.0004 Å °	-0.0416 Å °	0.053 Å °	-0.0269 Å °	-0.1138 Å °	0.0548 Å °

精密化 TLSグループ

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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