PDB-5gmr: Crystal structure of the mutant M3+S202W/I203F of the esterase E40

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gmr

タイトル

Crystal structure of the mutant M3+S202W/I203F of the esterase E40

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, Y.-Z. / Li, P.-Y.

引用

ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into the Improvement of the Halotolerance of a Marine Microbial Esterase by Increasing Intra- and Interdomain Hydrophobic Interactions.
著者: Li, P.Y. / Zhang, Y. / Xie, B.B. / Zhang, Y.Q. / Hao, J. / Wang, Y. / Wang, P. / Li, C.Y. / Qin, Q.L. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Shi, M. / Zhang, Y.Z. / Chen, X.L.

履歴

登録	2016年7月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gmr.cif.gz	478.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gmr.ent.gz	390.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gmr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gmr_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gmr_full_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示
XML形式データ	5gmr_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	5gmr_validation.cif.gz	82.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gmr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gmsC 4xvcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xvc-8 7at2-1 6b77-d 4q6d-d 6s6e-1 6y7b-5 1ba8-d 2v3h-d 2wj3-2 5n0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Esterase

A: Esterase

B: Esterase

D: Esterase

137 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Esterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Esterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Esterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Esterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.133, 73.679, 85.553
Angle α, β, γ (deg.)	67.54, 68.32, 76.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Esterase / Esterase E40 分子量: 34314.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6WGE1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES ARG22-LYS23-THR24 OF E40 (UNIPROTKB - A0A0F6WGE1 (A0A0F6WGE1_9BACT)) WERE REPLACED BY ...RESIDUES ARG22-LYS23-THR24 OF E40 (UNIPROTKB - A0A0F6WGE1 (A0A0F6WGE1_9BACT)) WERE REPLACED BY RESIDUES TYR22-LYS23-HIS24-LEU25-SER26 TO GENERATE THE MUTANT M3.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M succinic acid (pH 6.5), 15% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 118334 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19.613
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PHENIX		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XVC

4xvc

解像度: 1.8→40.007 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 24.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	5350	4.9 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1695	109130	88.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / B_sol: 45.529 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7859 Å²	12.0668 Å²	1.981 Å²
2-	-	6.3024 Å²	10.5226 Å²
3-	-	-	-7.0883 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.007 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9088	0	0	1325	10413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	12738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.849	3422
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.795-1.8154	0.2924	115	0.2557	2374	X-RAY DIFFRACTION	61
1.8154-1.8368	0.3053	146	0.2572	2852	X-RAY DIFFRACTION	74
1.8368-1.8592	0.3215	155	0.2508	3019	X-RAY DIFFRACTION	75
1.8592-1.8827	0.2787	142	0.2381	2969	X-RAY DIFFRACTION	78
1.8827-1.9075	0.2654	171	0.2225	3108	X-RAY DIFFRACTION	79
1.9075-1.9336	0.282	163	0.2197	3101	X-RAY DIFFRACTION	80
1.9336-1.9612	0.2385	167	0.2038	3167	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9612-1.9905	0.2419	175	0.2046	3243	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9905-2.0216	0.2667	183	0.1973	3272	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0216-2.0548	0.2317	176	0.2039	3388	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0548-2.0902	0.2461	188	0.1787	3405	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0902-2.1282	0.2286	178	0.1868	3412	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1282-2.1691	0.2304	187	0.1746	3472	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1691-2.2134	0.2102	192	0.1586	3510	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2134-2.2615	0.2088	159	0.1615	3601	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2615-2.3141	0.1976	174	0.1611	3557	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3141-2.372	0.2266	182	0.1571	3658	X-RAY DIFFRACTION	93
2.372-2.4361	0.1971	166	0.1555	3670	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4361-2.5078	0.1973	189	0.1644	3668	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5078-2.5887	0.2037	177	0.1605	3665	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5887-2.6812	0.204	207	0.1708	3683	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6812-2.7886	0.2165	205	0.1612	3705	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7886-2.9154	0.2028	183	0.1709	3737	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9154-3.0691	0.2095	177	0.1682	3794	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0691-3.2613	0.207	193	0.1673	3766	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2613-3.513	0.1955	196	0.1658	3814	X-RAY DIFFRACTION	98
3.513-3.8662	0.1868	194	0.1524	3816	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8662-4.4251	0.1634	190	0.14	3777	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4251-5.5727	0.154	207	0.1395	3757	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5727-40.0168	0.1682	213	0.1514	3820	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.0197 Å / Origin y: -53.5512 Å / Origin z: -25.7925 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1562 Å²	-0.0047 Å²	-0.003 Å²	-	0.1572 Å²	-0.003 Å²	-	-	0.1606 Å²
L	0.0123 °²	-0.0073 °²	-0.0317 °²	-	0.0201 °²	0.0037 °²	-	-	0.0239 °²
S	0.001 Å °	0.0037 Å °	-0.0076 Å °	0.001 Å °	-0.0008 Å °	0.0017 Å °	-0.0017 Å °	-0.0028 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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