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- PDB-5gjs: Crystal structure of H1 hemagglutinin from A/California/04/2009 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gjs
タイトルCrystal structure of H1 hemagglutinin from A/California/04/2009 in complex with a neutralizing antibody 3E1
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • heavy chain of human neutralizing antibody 3E1
  • light chain of human neutralizing antibody 3E1
キーワードIMMUNE SYSTEM / epitope / Fab / complementarity determining region / paratope
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, W. / Zhang, T. / Ding, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Human antibody 3E1 targets the HA stem region of H1N1 and H5N6 influenza A viruses
著者: Wang, W. / Sun, X. / Li, Y. / Su, J. / Ling, Z. / Zhang, T. / Wang, F. / Zhang, H. / Chen, H. / Ding, J. / Sun, B.
履歴
登録2016年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
L: light chain of human neutralizing antibody 3E1
H: heavy chain of human neutralizing antibody 3E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1606
ポリマ－104,5144
非ポリマー6462
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
L: light chain of human neutralizing antibody 3E1
H: heavy chain of human neutralizing antibody 3E1
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
L: light chain of human neutralizing antibody 3E1
H: heavy chain of human neutralizing antibody 3E1
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
L: light chain of human neutralizing antibody 3E1
H: heavy chain of human neutralizing antibody 3E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,47918
ポリマ－313,54212
非ポリマー1,9376
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area47310 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area110860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.162, 130.162, 365.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36525.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-344 / 変異: G212C, R227C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFast-HTB
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: C3W5S1
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20842.113 Da / 分子数: 1 / 断片: neutralizing antibody 3E1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: HA / プラスミド: pFast-HTB
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: C3W5S1

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 light chain of human neutralizing antibody 3E1


分子量: 23483.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AbVec-hIgKappa2 / 発現宿主: Cloning vector AbVec-hIgKappa (その他)
#4: 抗体 heavy chain of human neutralizing antibody 3E1


分子量: 23663.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: AbVec-hIgG1 / 発現宿主: Cloning vector AbVec-hIgG1 (その他)

-
糖 , 2種, 2分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES and 16% PEG 550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 25201 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LZJ, 3NFS

3lzj

3nfs


解像度: 2.9→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 48.675 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.502 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED,
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3035 1238 5 %RANDOM
Rwork0.2509 ---
obs0.2536 23695 92.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.37 Å2 / Biso mean: 51.878 Å2 / Biso min: 20.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7028 0 42 0 7070
Biso mean--73.75 --
残基数----905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.959841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0295891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2924.723307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.583151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6021525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1474.5763606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9916.8464483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.164.8023639
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 98 -
Rwork0.281 1859 -
all-1957 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0029-0.00750.00210.0251-0.02340.2174-0.00550.00160.0029-0.0047-0.0066-0.02060.01420.01020.0120.04130.00080.02550.0569-0.01470.049515.547662.8515-76.6803
20.0082-0.01240.01580.0546-0.00670.2543-0.0157-0.00520.00060.03050.06790.0052-0.01750.0037-0.05210.07550.021-0.01490.09420.01010.020310.546368.2211-24.1083
30.1086-0.0671-0.0410.30.06210.0217-0.00610.0028-0.0240.00920.0048-0.0063-0.00390.00190.00130.04480.013-0.02870.0453-0.01930.044531.068428.909-38.907
40.1915-0.1829-0.14650.20330.14170.139-0.0287-0.012200.03840.0083-0.043-0.00510.01380.02040.03420.0025-0.04870.03930.00080.093540.279237.8688-24.9507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 333
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4H1 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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