+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gi0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of RNA editing factor MORF9/RIP9 | ||||||
要素 | Multiple organellar RNA editing factor 9, chloroplastic | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA editing factor / MORF9 / RIP9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast RNA modification / cytidine to uridine editing / chloroplast envelope / 葉緑体 / 葉緑体 / 転写後修飾 / protein dimerization activity / mRNA binding / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.044 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, J. / Zhang, Q. / Guan, Z. / Zou, T. / Yin, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2017 タイトル: MORF9 increases the RNA-binding activity of PLS-type pentatricopeptide repeat protein in plastid RNA editing 著者: Yan, J. / Zhang, Q. / Guan, Z. / Wang, Q. / Li, L. / Ruan, F. / Lin, R. / Zou, T. / Yin, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gi0.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5gi0.ent.gz | 46.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gi0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gi0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15734.685 Da / 分子数: 1 / 変異: C13S, C115S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: MORF9, RIP9, At1g11430, T23J18.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LPZ1 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: sodium bromide,sodium thiocyanate, PEG 3350, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979305 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979305 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 9121 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 8.9 % / Net I/σ(I): 32.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.044→29.87 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.044→29.87 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.8742 Å / Origin y: 35.2392 Å / Origin z: 12.4412 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |