PDB-5g50: Vibrio cholerae scaffolding protein RbmA in complex with magnesium.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g50

タイトル

Vibrio cholerae scaffolding protein RbmA in complex with magnesium.

要素

RBMA

キーワード

ADHESION / BIOFILM / AUTOPROTEOLYSIS

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3880 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

VIBRIO CHOLERAE MJ-1236 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Maestre-Reyna, M. / Wu, W.-J. / Lee, C.-C. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Phosphate-Dependent Rbma Autoproteolysis is Involved in Biofilm Dispersal of Vibrio Cholerae
著者: Maestre-Reyna, M. / Wu, W.-J. / Lee, C.-C. / Wang, A.H.-J.

履歴

登録	2016年5月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g50.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g50.ent.gz	154.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5g50_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g50_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	5g50_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	5g50_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/5g50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/5g50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4be6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6iyk-1 4bei-2 2e0k-d 2cwq-d 3qwv-d 6cqm-1 5j2h-d 4z6c-d 4be5-d 4wzm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RBMA

B: RBMA

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.513, 123.513, 100.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2086- HOH

#1: タンパク質	RBMA 分子量: 28696.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VIBRIO CHOLERAE SCAFFOLDING PROTEIN RBMA 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE MJ-1236 (コレラ菌) 解説: ARTIFICIAL GENE / Variant: SEROTYPE O1 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3LTH7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, PH 6, 0.2 M NACL, 10 MM MGSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日 / 詳細: COLLIMATOR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.56 Å / Num. obs: 34970 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17.16
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BE6

4be6

解像度: 2.3→46.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 10.699 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23714	1690	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20157	-	-	-
obs	0.20328	33232	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3453	0	1	330	3784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	3533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.939	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	3	7505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.894	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.262	25.8	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.445	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.772	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.14	2.898	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.139	2.898	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.811	4.344	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.499	3.041	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.302→2.362 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	119	-
R_work	0.278	2374	-
obs	-	-	97.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8053	0.9333	0.7619	2.5475	0.2033	2.1547	-0.0223	-0.3367	-0.0117	0.2489	-0.0034	0.3435	0.1183	-0.3984	0.0256	0.2159	0.0281	0.0515	0.2175	-0.0074	0.1218	-33.819	-11.758	6.55
2	2.0729	-0.2054	0.9767	0.6056	0.437	1.8599	-0.0052	0.0592	-0.2711	0.097	0.0303	0.2585	0.3803	-0.0815	-0.0251	0.1491	-0.0029	0.0124	0.1371	0.0041	0.1523	-31.147	-14.312	-4.8
3	12.9575	6.8565	-2.3072	4.1202	-1.2153	0.8759	-0.49	-0.107	-0.1368	-0.2245	0.2357	0.244	0.3428	-0.3619	0.2544	0.2446	-0.1231	0.1315	0.538	-0.0129	0.319	-30.281	-16.173	6.346
4	3.4009	0.5919	-0.797	1.4943	-0.0087	2.1209	-0.1254	-0.2077	0.1958	0.0122	0.0413	0.2505	0.0114	-0.1808	0.0842	0.1896	0.0382	-0.0034	0.1966	-0.0145	0.1383	-33.077	-5.906	1.857
5	1.336	-2.0752	0.4979	4.8337	0.0353	0.5936	-0.3361	0.0224	0.2409	0.7698	0.1693	-0.2254	0.0007	0.1067	0.1668	0.1396	0.0132	-0.005	0.1639	-0.0744	0.1633	-20.813	9.547	6.768
6	0.7711	-0.746	-0.0092	1.0091	0.1899	1.1845	-0.0521	-0.0654	0.2104	0.0323	0.0352	-0.1641	-0.1799	0.0978	0.017	0.1229	-0.0091	0.0186	0.1094	-0.0496	0.1355	-32.86	17.469	-1.085
7	12.8647	2.2324	-1.6007	1.1465	-0.1741	1.9504	0.0381	-0.1216	0.0266	0.1022	-0.0253	-0.1396	-0.0747	0.173	-0.0128	0.2415	0.0338	0.0015	0.1412	-0.0384	0.2161	-29.447	10.784	-1.885
8	2.5971	-0.6992	-1.215	1.7561	0.2637	1.7793	0.1957	0.556	0.2661	-0.4281	-0.2104	0.2053	-0.1588	-0.4119	0.0147	0.2114	0.0383	-0.0094	0.1728	0.0361	0.1379	-36.147	14.924	-21.089
9	9.405	-5.4241	3.8192	3.3738	-2.4493	1.8184	0.1185	-0.3179	0.5319	0.2392	0.0834	0.0791	-0.2866	-0.0796	-0.2019	0.4514	-0.0488	0.5394	0.1751	-0.0969	0.6794	-36.057	25.075	-9.146
10	47.7115	8.5339	14.5286	2.1983	2.6673	4.4486	-1.203	5.4125	3.5194	0.469	0.1674	0.7601	-0.2183	1.5945	1.0355	1.2686	-0.7466	-0.1309	1.6422	0.182	0.4272	-52.537	22.538	-25.359
11	4.2479	0.0695	-0.9344	1.4709	0.0839	1.5241	-0.0101	0.2719	0.3805	-0.2535	-0.0338	0.0586	-0.2043	-0.2048	0.0439	0.1857	0.0072	0.0126	0.1416	0.0121	0.0981	-33.319	13.246	-19.275
12	0.051	0.0897	-0.2995	7.012	0.6407	2.2771	0.0346	0.0368	0.0215	-0.7039	-0.084	-0.1358	-0.2587	-0.1666	0.0494	0.1677	-0.0238	0.0227	0.2448	0.1566	0.2373	-20.198	-3.591	-24.542
13	0.4732	-0.0172	0.2852	0.6411	0.083	0.8414	-0.0242	0.0176	0.0506	-0.0598	-0.0153	0.0326	0.09	0.0278	0.0395	0.1357	0.001	0.0036	0.1339	-0.0267	0.0864	-28.972	-10.848	-15.076
14	25.3621	3.7441	-2.7625	3.7073	-1.0388	2.6493	0.0785	0.3988	0.9114	-0.0956	-0.0746	0.048	-0.0986	0.0302	-0.0038	0.2288	0.0102	-0.0098	0.1376	-0.0374	0.1281	-37.658	-3.658	-16.554

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	82 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	108 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	149 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	170 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	256 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	38 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	90 - 103
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	104 - 111
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	112 - 152
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	153 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	170 - 262
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	263 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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