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万見
- PDB-5g4z: Structural basis for carboxylic acid recognition by a Cache chemo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g4z
タイトルStructural basis for carboxylic acid recognition by a Cache chemosensory domain.
要素Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor
キーワードSIGNALING PROTEIN / CHEMOTAXIS / CHEMORECEPTORS / LIGAND BINDING DOMAINS / METHYL- ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEINS / PSEUDOMONAS SYRINGAE PV. ACTINIDIAE
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single Cache domain 2 / Single Cache domain 2 / Cache_2 / Chemotaxis methyl-accepting receptor / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). ...Single Cache domain 2 / Single Cache domain 2 / Cache_2 / Chemotaxis methyl-accepting receptor / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Unknown ligand / Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Brewster, J. / McKellar, J.L.O. / Newman, J. / Peat, T.S. / Gerth, M.L.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for ligand recognition by a Cache chemosensory domain that mediates carboxylate sensing in Pseudomonas syringae.
著者: Brewster, J.L. / McKellar, J.L. / Finn, T.J. / Newman, J. / Peat, T.S. / Gerth, M.L.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3333
ポリマ－20,1831
非ポリマー1502
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.428, 73.428, 74.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor


分子量: 20182.893 Da / 分子数: 1 / 断片: C2-CHEMORECEPTOR SENSOR DOMAIN RESIDUES 34-191 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINAL DOMAIN (33 RESIDUES) AND C- TERMINAL DOMAIN (353 RESIDUES) REMOVED. JUST THE C2 CACHE SENSOR DOMAIN IS CRYSTALLIZED.
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: BCD74_10458 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2S3VA52
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL HIS-TAG IN PLACE OF THE NATIVE N-TERMINAL 33 AMINO ACIDS AND THE C-TERMINAL DOMAIN (OF ...N-TERMINAL HIS-TAG IN PLACE OF THE NATIVE N-TERMINAL 33 AMINO ACIDS AND THE C-TERMINAL DOMAIN (OF 353 RESIDUES) IS REMOVED LEAVING JUST THE C2 CACHE CHEMOSENSOR DOMAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN AT 8.5 MG/ML IN 50 MM BISTRIS CHLORIDE, PH 6.5, 50 MM SODIUM CHLORIDE IN EQUAL VOLUME WITH 27% PEG 4000 AND 3% SUCROSE AT 20 C IN SITTING DROP PLATES. CRYSTALS WERE LATER SOAKED IN ...詳細: PROTEIN AT 8.5 MG/ML IN 50 MM BISTRIS CHLORIDE, PH 6.5, 50 MM SODIUM CHLORIDE IN EQUAL VOLUME WITH 27% PEG 4000 AND 3% SUCROSE AT 20 C IN SITTING DROP PLATES. CRYSTALS WERE LATER SOAKED IN RESERVOIR SOLUTION WITH 40 MM NEUTRALIZED PROPIONATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→48.5 Å / Num. obs: 16058 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G4Y

5g4y


解像度: 1.98→63.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.109 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17741 842 5.3 %RANDOM
Rwork0.15669 ---
obs0.15785 15189 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20.74 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----4.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→63.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1167 0 15 59 1241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.9531676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04332707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4915152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75924.82156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46215211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.944155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1943.426602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.193.42601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2245.101756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1753.841636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 39 -
Rwork0.237 1117 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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