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- PDB-5g4d: Crystal structure of the Cas2 in T.onnurineus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g4d
タイトルCrystal structure of the Cas2 in T.onnurineus
要素CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS2
キーワードIMMUNE SYSTEM / CRIPSR-CAS COMPLEX / ADAPTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOCOCCUS ONNURINEUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Jung, T.Y. / Park, K.H. / Woo, E.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Structural Features of Cas2 from Thermococcus Onnurineus in Crispr-Cas System Type Iv.
著者: Jung, T. / Park, K. / Yan, A. / Schulga, A. / Deyev, S. / Jung, J. / Woo, E.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3771
ポリマ－10,3771
非ポリマー00
水1,18966
1
A: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS2

A: CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7542
ポリマ－20,7542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.515, 32.802, 83.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2019-

HOH

21A-2065-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-ASSOCIATED ENDORIBONUCLEASE CAS2 / CAS2


分子量: 10377.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMOCOCCUS ONNURINEUS (古細菌) / 参照: UniProt: B6YTB8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.59 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 9301 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 27.64 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.701→25.753 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 930 10 %
Rwork0.215 --
obs0.2178 9301 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→25.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数653 0 0 66 719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.814892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.592405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7006-1.79020.30231270.23951157X-RAY DIFFRACTION100
1.7902-1.90230.29311330.22831184X-RAY DIFFRACTION100
1.9023-2.04920.26111320.21511189X-RAY DIFFRACTION100
2.0492-2.25530.23921310.20911188X-RAY DIFFRACTION100
2.2553-2.58140.24821340.22321198X-RAY DIFFRACTION100
2.5814-3.25120.23621360.22711224X-RAY DIFFRACTION100
3.2512-25.75610.22021370.20121231X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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