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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g3q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hypothetical domain in WNK1 | ||||||
![]() | WNK1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / DE NOVO PROTEIN | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Sanvitale, C.E. / Bartual, S.G. / Adamson, R.J. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Sanvitale, C.E. / Bartual, S.G. / Adamson, R.J. / Krojer, T. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Hypothetical Domain in Wnk1 著者: Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Sanvitale, C.E. / Bartual, S.G. / Adamson, R.J. / Burgess-Brown, N.A. / Krojer, T. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10281.576 Da / 分子数: 2 / 断片: HYPOTHETICAL DOMAIN, RESIDUES 1113-1201 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% PEG3350 -- 10% ETHYLENE GLYCOL -- 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 6.5 -- 0.2M SODIUM FORMATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→82.3 Å / Num. obs: 30010 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.62 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: UNRELEASED SAD-DETERMINED SELENOMETHIOINE MODEL 解像度: 1.613→35.502 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.613→35.502 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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