+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g1v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Linalool Dehydratase Isomerase: Selenomethionine Derivative | ||||||
要素 | LINALOOL DEHYDRATASE ISOMERASE | ||||||
キーワード | LYASE / HYDRATASE / LINALOOL / TERPENE / ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / : / protein tetramerization / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CASTELLANIELLA DEFRAGRANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Chambers, S. / Hau, A. / Man, H. / Omar, M. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Structural and functional insights into asymmetric enzymatic dehydration of alkenols. 著者: Nestl, B.M. / Geinitz, C. / Popa, S. / Rizek, S. / Haselbeck, R.J. / Stephen, R. / Noble, M.A. / Fischer, M.P. / Ralph, E.C. / Hau, H.T. / Man, H. / Omar, M. / Turkenburg, J.P. / van Dien, S. ...著者: Nestl, B.M. / Geinitz, C. / Popa, S. / Rizek, S. / Haselbeck, R.J. / Stephen, R. / Noble, M.A. / Fischer, M.P. / Ralph, E.C. / Hau, H.T. / Man, H. / Omar, M. / Turkenburg, J.P. / van Dien, S. / Culler, S.J. / Grogan, G. / Hauer, B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g1v.cif.gz | 364.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5g1v.ent.gz | 309.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5g1v_validation.pdf.gz | 449.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5g1v_full_validation.pdf.gz | 461.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5g1v_validation.xml.gz | 65.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5g1v_validation.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42462.660 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CASTELLANIELLA DEFRAGRANS (バクテリア) 株: 65PHEN / プラスミド: PET-YSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1XUJ2, linalool dehydratase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7 詳細: 1.1 M SODIUM TARTATE PH 7.0; 1% (V/V) GLYCEROL; PROTEIN AT 10 MG PER ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97902 |
検出器 | 日付: 2015年9月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97902 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.68→100.51 Å / Num. obs: 68022 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.68→2.74 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.68→111.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.318 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.846 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.466 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→111.41 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|