PDB-5fzp: Structure of the dispase autolysis inducing protein from Streptom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fzp

タイトル

Structure of the dispase autolysis inducing protein from Streptomyces mobaraensis

要素

DISPASE AUTOLYSIS-INDUCING PROTEIN

キーワード

SIGNALING PROTEIN / DISPASE-AUTOLYSIS INDUCING PROTEIN / DAIP / GLUTAMINE CROSS- LINKING SITES / STREPTOMYCES MOBARAENSIS / 7-BLADED BETA-PROPELLER

機能・相同性

WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / extracellular region / Dispase autolysis-inducing protein

機能・相同性情報

生物種

STREPTOMYCES MOBARAENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schmelz, S. / Fiebig, D. / Beck, J. / Fuchsbauer, H.L. / Scrima, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Dispase Autolysis Inducing Protein from Streptomyces Mobaraensis and Glutamine Cross-Linking Sites for Transglutaminase
著者: Fiebig, D. / Schmelz, S. / Zindel, S. / Ehret, V. / Beck, J. / Ebenig, A. / Ehret, M. / Froels, S. / Pfeifer, F. / Kolmar, H. / Fuchsbauer, H.L. / Scrima, A.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月24日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2016年10月5日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fzp.cif.gz	152.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fzp.ent.gz	128.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fzp_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fzp_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	5fzp_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	5fzp_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/5fzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/5fzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1n1y-d 3erp-d 1ms0-1 4dc3-d 3vaq-d 5efz-3 6sbb-d 1ms1-2 1mz6-d 3v3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DISPASE AUTOLYSIS-INDUCING PROTEIN

B: DISPASE AUTOLYSIS-INDUCING PROTEIN

ヘテロ分子

73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.010, 101.130, 114.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DISPASE AUTOLYSIS-INDUCING PROTEIN / DAIP 分子量: 36187.570 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-374 / 由来タイプ: 天然詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS AND CELL CULTURES, BRAUNSCHWEIG, GERMANY 由来: (天然) STREPTOMYCES MOBARAENSIS (バクテリア) / 株: 40847 / 参照: UniProt: P84908
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 15% (V/V) GLYCEROL, 8.5% (V/V) 2-PROPANOL, 85 MM HEPES PH 7.5 AND 17% (W/V) PEG 4K WITH 10 MG/ML DAIP PROTEIN (IN WATER)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.38568
検出器	日付: 2014年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38568 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→42.3 Å / Num. obs: 148865 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.56
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
HKL2MAP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→19.938 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 18.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	7428	5 %
R_work	0.1593	-	-
obs	0.1609	148863	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.938 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5012	0	46	742	5800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.815	7434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.072	3141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	846
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	983

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2825	242	0.2261	4724	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7193-1.7395	0.2465	248	0.2171	4741	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7395-1.7607	0.2295	249	0.2105	4701	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7607-1.783	0.2487	248	0.2028	4721	X-RAY DIFFRACTION	99
1.783-1.8064	0.2394	247	0.1949	4715	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8064-1.8312	0.2208	247	0.1921	4654	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8312-1.8573	0.255	244	0.19	4615	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8573-1.885	0.2214	233	0.1828	4516	X-RAY DIFFRACTION	94
1.885-1.9145	0.219	253	0.1797	4746	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9145-1.9458	0.2432	250	0.1823	4719	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9458-1.9793	0.2507	244	0.1758	4739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9793-2.0153	0.2045	252	0.1676	4764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0153-2.054	0.2017	250	0.1687	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.054-2.0959	0.2394	250	0.1714	4783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.1414	0.212	245	0.1715	4678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1414-2.1912	0.189	251	0.1678	4740	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1912-2.2459	0.206	248	0.1605	4688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2459-2.3065	0.2279	232	0.1675	4510	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3065-2.3743	0.2076	250	0.1635	4779	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3743-2.4508	0.2226	250	0.1597	4787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4508-2.5382	0.1861	260	0.1594	4739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5382-2.6397	0.198	254	0.1583	4771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6397-2.7595	0.2081	244	0.1609	4763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7595-2.9046	0.1956	252	0.1621	4742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9046-3.0859	0.1964	246	0.1641	4716	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0859-3.3232	0.1618	249	0.1549	4673	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3232-3.6558	0.1706	247	0.1426	4745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6558-4.1805	0.1514	251	0.1343	4750	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1805-5.251	0.1345	251	0.1167	4725	X-RAY DIFFRACTION	99
5.251-19.9389	0.1624	241	0.1522	4728	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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