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- PDB-5fus: Crystal structure of B. cenocepacia DfsA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fus
タイトルCrystal structure of B. cenocepacia DfsA
要素Putative enoyl CoA hydratase
キーワードLYASE / CROTONASE / QUORUM SENSING / BDSF BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting Protein - #30 / Light-harvesting Protein / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Other non-globular / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / Enoyl CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Spadaro, F. / Scoffone, V.C. / Chiarelli, L.R. / Fumagalli, M. / Buroni, S. / Riccardi, G. / Forneris, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2016
タイトル: The Crystal Structure of Burkholderia Cenocepacia Dfsa Provides Insights Into Substrate Recognition and Quorum Sensing Fatty Acid Biosynthesis.
著者: Spadaro, F. / Scoffone, V.C. / Chiarelli, L.R. / Fumagalli, M. / Buroni, S. / Riccardi, G. / Forneris, F.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 2.02021年6月30日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _entity.pdbx_description ..._atom_site.occupancy / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative enoyl CoA hydratase
B: Putative enoyl CoA hydratase
C: Putative enoyl CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,02420
ポリマ-96,1073
非ポリマー1,91717
8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-63.3 kcal/mol
Surface area29770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.070, 128.070, 128.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2027-

HOH

21B-2073-

HOH

31B-2182-

HOH

41B-2183-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative enoyl CoA hydratase


分子量: 32035.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAM0581 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EKM5

-
非ポリマー , 6種, 504分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C12H24O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM TRIS-HCL 50 MM LISO4 50 MM NA2SO4 30% PEG 400 PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→55.69 Å / Num. obs: 95772 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 25.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M6M
解像度: 1.87→45.424 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 5157 5.1 %
Rwork0.1662 --
obs0.1678 100676 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→45.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6309 0 124 487 6920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0166650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4558982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3322434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085964
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.89130.31791630.2883110X-RAY DIFFRACTION99
1.8913-1.91350.29991750.29323129X-RAY DIFFRACTION99
1.9135-1.93690.32671600.28063141X-RAY DIFFRACTION100
1.9369-1.96140.29391400.27053173X-RAY DIFFRACTION100
1.9614-1.98720.30041450.2553188X-RAY DIFFRACTION100
1.9872-2.01440.28911660.24133187X-RAY DIFFRACTION100
2.0144-2.04320.27111770.22223146X-RAY DIFFRACTION100
2.0432-2.07370.25311980.2143141X-RAY DIFFRACTION100
2.0737-2.10610.25361930.20763148X-RAY DIFFRACTION100
2.1061-2.14060.23391850.20223156X-RAY DIFFRACTION100
2.1406-2.17750.22921810.18663150X-RAY DIFFRACTION100
2.1775-2.21710.23162050.17923151X-RAY DIFFRACTION99
2.2171-2.25980.19641540.16613119X-RAY DIFFRACTION99
2.2598-2.30590.21151530.17023205X-RAY DIFFRACTION100
2.3059-2.3560.21021890.16013172X-RAY DIFFRACTION100
2.356-2.41080.18561820.1583143X-RAY DIFFRACTION100
2.4108-2.47110.20761490.15863225X-RAY DIFFRACTION100
2.4711-2.53790.19541760.15553147X-RAY DIFFRACTION100
2.5379-2.61260.19441950.15433180X-RAY DIFFRACTION100
2.6126-2.69690.16451820.15113158X-RAY DIFFRACTION100
2.6969-2.79330.20621660.14683213X-RAY DIFFRACTION100
2.7933-2.90510.16411690.14373177X-RAY DIFFRACTION100
2.9051-3.03730.17651610.14283213X-RAY DIFFRACTION100
3.0373-3.19740.16411710.14443195X-RAY DIFFRACTION100
3.1974-3.39770.14781530.14183204X-RAY DIFFRACTION100
3.3977-3.65990.19291580.13963255X-RAY DIFFRACTION100
3.6599-4.0280.18291340.14183257X-RAY DIFFRACTION100
4.028-4.61040.15621930.14063210X-RAY DIFFRACTION100
4.6104-5.80670.17371790.16463267X-RAY DIFFRACTION100
5.8067-45.43720.2082050.18023359X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68570.540.03880.9544-0.35840.58840.2149-0.12310.07320.7237-0.0865-0.19170.0830.03370.22870.5073-0.0012-0.07740.4017-0.01110.2118102.985935.672259.6506
20.7037-0.56820.18351.0708-0.04790.2099-0.0356-0.16580.07540.15880.0431-0.0318-0.0045-0.032200.1530.00690.02020.2214-0.0070.10894.837341.428546.8532
30.3152-0.3022-0.01970.77510.32550.2011-0.003-0.0712-0.06930.08090.01830.06140.0557-0.026900.1405-0.00220.00980.17510.02820.134393.708731.957443.3141
40.15650.1309-0.06810.4489-0.23390.4503-0.0792-0.32970.05280.2429-0.05350.00370.10670.0472-0.03160.23540.0420.05790.3584-0.06670.221681.444359.098950.1002
50.05630.0382-0.00880.01170.01380.09430.06010.26870.4787-0.1362-0.01610.1368-0.5591-0.2682-0.00250.39730.13890.02140.32450.02780.34272.845961.836711.6937
60.72780.1303-0.38820.2636-0.27690.2727-0.09630.559-0.1745-0.38390.00420.2423-0.3028-0.2995-0.0090.27030.0551-0.02340.3841-0.0550.29171.782952.902111.7781
70.1784-0.21080.05520.2318-0.11980.20720.15560.06140.0853-0.0907-0.1591-0.1282-0.2916-0.107200.25310.00430.03530.22530.01810.231480.691457.134413.4198
8-0.0317-0.03360.00050.04570.1780.0370.00610.19420.1065-0.271-0.00450.202-0.1852-0.2668-0.00010.3127-0.0116-0.06560.31360.00450.249476.758340.809-1.0948
90.1259-0.0979-0.01250.11910.03530.0516-0.0581-0.03120.1162-0.13610.20370.0084-0.17140.14520.00840.208-0.0279-0.02440.1838-0.00130.2288.49944.75115.8766
100.5426-0.0856-0.18050.33230.40720.5490.0126-0.0511-0.0569-0.0372-0.06130.11280.0287-0.1315-00.138-0.0106-0.00620.2051-0.00580.186175.74937.101417.3142
110.1136-0.0040.1590.1026-0.04650.17380.0426-0.05420.0559-0.0079-0.0359-0.0079-0.0177-0.09540.01480.13170.02820.01530.2188-0.04080.165778.001250.096829.5516
120.0622-0.06510.04860.0434-0.05390.0452-0.01050.0036-0.1163-0.10270.1765-0.2088-0.17740.17080.00020.1764-0.0242-0.01780.1841-0.00680.167492.071237.49338.0242
13-0.0024-0.0101-0.03250.0386-0.02560.0490.0674-0.1575-0.07120.1767-0.0256-0.04510.0777-0.1553-0.00070.2015-0.0326-0.04610.2563-0.03010.22275.232130.3866-6.4841
140.41-0.29240.04830.44320.37480.18890.20930.2291-0.3686-0.1297-0.08-0.21370.23150.16530.00090.24520.0264-0.03120.2182-0.06280.3277103.03386.54818.0629
150.6749-0.05280.29090.3177-0.34780.86070.0425-0.0395-0.1433-0.03010.00760.00120.1423-0.03750.00110.1848-0.025-0.02250.13520.02210.213998.104512.47423.554
160.3132-0.24750.13210.13620.09180.3060.07710.0491-0.0528-0.0170.0641-0.04040.0485-0.06320.19260.1907-0.0309-0.04790.17760.00040.196287.627519.03338.8078
170.3136-0.3227-0.02940.1737-0.01750.2339-0.0471-0.05810.0031-0.0801-0.0407-0.17460.1497-0.006-0.02580.2073-0.011-0.02790.15110.04330.2076108.757113.182533.208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'C' AND (RESID 9 THROUGH 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'C' AND (RESID 46 THROUGH 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'C' AND (RESID 189 THROUGH 261 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'C' AND (RESID 262 THROUGH 278 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 45 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 46 THROUGH 73 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 74 THROUGH 96 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 115 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 116 THROUGH 211 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 212 THROUGH 241 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'A' AND (RESID 242 THROUGH 261 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'A' AND (RESID 262 THROUGH 277 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 7 THROUGH 61 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 62 THROUGH 211 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 212 THROUGH 241 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 242 THROUGH 278 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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