PDB-5ft3: Aedes aegypti GSTe2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ft3

タイトル

Aedes aegypti GSTe2

要素

GLUTATHIONE S-TRANSFERASE EPSILON 2

キーワード

TRANSFERASE / GSTE2 / GSH

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

AEDES AEGYPTI (ネッタイシマカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.431 Å

データ登録者

Yunta, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Simple Test for the Determination of Ddt on Sprayed Surfaces
著者: Yunta, C. / Ismail, H.M. / Paine, M.J.I.

履歴

登録	2016年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ft3.cif.gz	194.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ft3.ent.gz	155.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ft3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ft3_validation.pdf.gz	948.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ft3_full_validation.pdf.gz	966.3 KB	表示
XML形式データ	5ft3_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	5ft3_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/5ft3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/5ft3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zmlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pnf-3 3zml-d 2il3-d 2imk-d 2yxv-2 5kv9-d 4pbg-2 4f4f-2 3pau-d 4uz7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE EPSILON 2

B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE EPSILON 2

ヘテロ分子

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.811, 86.563, 101.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GLUTATHIONE S-TRANSFERASE EPSILON 2 分子量: 24722.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) AEDES AEGYPTI (ネッタイシマカ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5PY77
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.48 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.7, 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→28.85 Å / Num. obs: 78165 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
SCALA		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZML

3zml

解像度: 1.431→27.745 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	3912	5 %
R_work	0.1339	-	-
obs	0.1359	78088	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.431→27.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3428	0	40	584	4052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	4821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.226	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.431-1.4484	0.3092	112	0.2159	1964	X-RAY DIFFRACTION	74
1.4484-1.4668	0.263	125	0.1799	2316	X-RAY DIFFRACTION	87
1.4668-1.4861	0.2482	118	0.1571	2461	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4861-1.5064	0.227	130	0.1422	2524	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5064-1.5279	0.2191	149	0.1245	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5279-1.5507	0.1972	151	0.1155	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5507-1.575	0.1879	132	0.1089	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
1.575-1.6008	0.165	141	0.1019	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6008-1.6284	0.1686	146	0.1003	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6284-1.658	0.1707	143	0.0956	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.658-1.6899	0.1853	142	0.0999	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6899-1.7244	0.1815	142	0.1038	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7244-1.7619	0.1484	117	0.1054	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7619-1.8028	0.1738	141	0.1188	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8479	0.1531	154	0.1216	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8479-1.8979	0.2029	136	0.1199	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8979-1.9537	0.1871	155	0.1203	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9537-2.0167	0.1709	133	0.1221	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0167-2.0888	0.1576	154	0.1211	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0888-2.1724	0.1704	143	0.1217	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1724-2.2712	0.1712	142	0.1203	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2712-2.3909	0.149	132	0.1239	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3909-2.5406	0.187	143	0.1323	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5406-2.7366	0.1901	149	0.1453	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7366-3.0117	0.172	146	0.1518	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0117-3.4468	0.1606	145	0.1459	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4468-4.3399	0.1545	144	0.1371	2777	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3399-27.75	0.1753	147	0.1662	2921	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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