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万見
- PDB-5fm9: human Notch 1, EGF 4-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fm9
タイトルhuman Notch 1, EGF 4-7
要素NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSMEMBRANE / DEVELOPMENTAL / PROTEIN / NOTCH SIGNALING PATHWAY / DIFFERENTIATION / PHOSPHORYLATION / EGF- LIKE DOMAIN / REGULATION / RECEPTOR / ACTIVATOR / ANK REPEAT / SIGNALLING / GLYCOPROTEIN / EXTRACELLULAR / EGF / NOTCH / JAGGED / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation ...Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / regulation of extracellular matrix assembly / endocardial cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / mesenchymal cell development / negative regulation of collagen biosynthetic process / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / left/right axis specification / somatic stem cell division / interleukin-17-mediated signaling pathway / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of catalytic activity / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / tube formation / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of stem cell proliferation / heart trabecula morphogenesis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / luteolysis / endoderm development / prostate gland epithelium morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / transcription regulator activator activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of stem cell differentiation / astrocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / positive regulation of Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Neurogenic locus notch homolog protein 1 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD ...Neurogenic locus notch homolog protein 1 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Weisshuhn, P.C. / Sheppard, D. / Taylor, P. / Whiteman, P. / Lea, S.M. / Handford, P.A. / Redfield, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Non-Linear and Flexible Regions of the Human Notch1 Extracellular Domain Revealed by High-Resolution Structural Studies.
著者: Weisshuhn, P.C. / Sheppard, D. / Taylor, P. / Whiteman, P. / Lea, S.M. / Handford, P.A. / Redfield, C.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7233
ポリマ－16,6421
非ポリマー802
水1086
1
A: NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4456
ポリマ－33,2852
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area920 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.260, 21.150, 83.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NEUROGENIC LOCUS NOTCH HOMOLOG PROTEIN 1 / NOTCH 1 / HN1 / TRANSLOCATION-ASSOCIATED NOTCH PROTEIN TAN-1 / NOTCH 1 EXTRACELLULAR TRUNCATION / ...NOTCH 1 / HN1 / TRANSLOCATION-ASSOCIATED NOTCH PROTEIN TAN-1 / NOTCH 1 EXTRACELLULAR TRUNCATION / NEXT / NOTCH 1 INTRACELLULAR DOMAIN / NICD


分子量: 16642.387 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF DOMAINS 4-7, UNP RESIDUES 140-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46531
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.75
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→64.73 Å / Num. obs: 5015 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 39.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.92→3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VJ3.PDB

2vj3


解像度: 2.92→64.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8842 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8636 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.558 / SU Rfree Blow DPI: 0.338
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2105. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2105. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 233 4.65 %RANDOM
Rwork0.2125 ---
obs0.2137 5014 95.67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.5736 Å20 Å2-8.4685 Å2
2--5.4193 Å20 Å2
3---10.1543 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.426 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→64.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1125 0 2 6 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012143HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.233853HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d416SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes34HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2143HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion148SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2243SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.92→3.26 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 75 5.45 %
Rwork0.2435 1302 -
all0.2453 1377 -
obs--95.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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