- PDB-5fkq: Unraveling the first step of xyloglucan degradation by the soil s... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5fkq
タイトル
Unraveling the first step of xyloglucan degradation by the soil saprophyte Cellvibrio japonicus through the functional and structural characterization of a potent GH74 endo-xyloglucanase
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.71→48.88 Å / Num. obs: 172392 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0131
精密化
Aimless
データスケーリング
MOLREP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: APO STRUCTURE 解像度: 1.71→102.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 2.678 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES, REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22462
8556
5 %
RANDOM
Rwork
0.19248
-
-
-
obs
0.19408
163901
99.9 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK