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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fjp | ||||||
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タイトル | N-acyl amino acid racemase from Amycolatopsis sp Ts-1-60: G291D F323Y I293G mutant in complex with N-acetyl naphthylalanine | ||||||
要素 | O-SUCCINYLBENZOATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | LYASE / RACEMASE / N-ACYLAMINO ACID / NAPHTHYLALANINE / ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Sanchez Carron, G. / Campopiano, D. / Grogan, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of N-Acylamino Acid Racemase Mutants in Complex with Substrates 著者: Sanchez-Carron, G. / Campopiano, D. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fjp.cif.gz | 283.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fjp.ent.gz | 231.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fjp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fjp_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5fjp_validation.xml.gz | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fjp_validation.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fjp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39466.199 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア) / 株: TS-1-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44244, o-succinylbenzoate synthase #2: 化合物 | ChemComp-NPQ / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | MUTATIONS D291G F323Y I293G | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 100 MM TRIS HCL PH 8; 15% (W/V) PEG 4K; 800 MM SODIUM FORMATE; PROTEIN AT 8 MG PER ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→76.44 Å / Num. obs: 74523 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4A6G 解像度: 2.58→76.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.127 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.079 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.58→76.44 Å
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拘束条件 |
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