[日本語] English
万見
- PDB-5fi8: Crystal structure of plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fi8
タイトルCrystal structure of plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bounded with DSM422 (Tetrahydro-2-naphthyl and 2-indanyl triazolopyrimidine)
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / FMN / alpha/beta barrel / inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5Y5 / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Deng, X. / Kokkonda, S. / Tomchick, D. / Phillips, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U01AI075594 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Tetrahydro-2-naphthyl and 2-Indanyl Triazolopyrimidines Targeting Plasmodium falciparum Dihydroorotate Dehydrogenase Display Potent and Selective Antimalarial Activity.
著者: Kokkonda, S. / Deng, X. / White, K.L. / Coteron, J.M. / Marco, M. / de Las Heras, L. / White, J. / El Mazouni, F. / Tomchick, D.R. / Manjalanagara, K. / Rudra, K.R. / Chen, G. / Morizzi, J. / ...著者: Kokkonda, S. / Deng, X. / White, K.L. / Coteron, J.M. / Marco, M. / de Las Heras, L. / White, J. / El Mazouni, F. / Tomchick, D.R. / Manjalanagara, K. / Rudra, K.R. / Chen, G. / Morizzi, J. / Ryan, E. / Kaminsky, W. / Leroy, D. / Martinez-Martinez, M.S. / Jimenez-Diaz, M.B. / Bazaga, S.F. / Angulo-Barturen, I. / Waterson, D. / Burrows, J.N. / Matthews, D. / Charman, S.A. / Phillips, M.A. / Rathod, P.K.
履歴
登録2015年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6505
ポリマ－45,3861
非ポリマー1,2644
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.147, 86.147, 139.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 45385.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 158-569 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Deletion of loop (384-413)
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#2: 化合物 ChemComp-5Y5 / 2-[1,1-bis(fluoranyl)ethyl]-~{N}-[(2~{S})-7-bromanyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-2-yl]-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine


分子量: 422.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18BrF2N5
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#5: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.16 M Ammonium sulfate, 0.1 M NaAcetate, pH 4.2, 9.5% PEG4000 (w/v), 24% Glycerol (v/v), and 10 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→31.5 Å / Num. obs: 25308 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.5 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 43.4
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 0.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I65

3i65


解像度: 2.32→31.5 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 1085 5.09 %
Rwork0.1798 --
obs0.182 21296 84.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→31.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2882 0 84 65 3031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043016
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1941131
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3219-2.42760.4307560.2384965X-RAY DIFFRACTION32
2.4276-2.55550.2856830.22781560X-RAY DIFFRACTION52
2.5555-2.71550.3051370.2432804X-RAY DIFFRACTION93
2.7155-2.9250.27451580.2232986X-RAY DIFFRACTION100
2.925-3.21910.2391510.20882986X-RAY DIFFRACTION100
3.2191-3.68430.20931780.18412973X-RAY DIFFRACTION100
3.6843-4.63950.19121680.14542998X-RAY DIFFRACTION100
4.6395-31.55560.17921540.14622939X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0130.0050.01480.01960.00970.01740.06090.080.0237-0.03860.03430.04290.0287-0.03150.10450.35850.0181-0.12570.15010.13510.1829-35.4374106.459-19.2917
20.1501-0.0491-0.04630.0224-0.00030.04880.1002-0.06820.07330.0065-0.00580.03330.04090.00150.10870.3291-0.0575-0.05240.018-0.04870.1493-35.2902102.0361-2.4727
30.01140.0002-0.01460.07040.02450.0697-0.0253-0.0081-0.00650.0098-0.0678-0.01550.0352-0.0219-0.31020.2833-0.0876-0.13970.00270.1170.1669-36.559494.7075-4.7049
40.0242-0.022-0.00780.0253-0.00250.0186-0.0515-0.0212-0.05020.0146-0.0028-0.01380.02180.0155-0.04440.4148-0.2021-0.06170.23720.17420.2738-39.596286.84195.5289
50.0426-0.0488-0.01310.05870.00990.0411-0.1096-0.0485-0.09040.1438-0.03450.00990.0801-0.0149-0.25510.4622-0.22520.04320.44840.22220.2348-42.600791.198312.1303
60.022-0.01890.0250.0556-0.01450.03840.0606-0.10130.07470.06180.00590.15-0.0649-0.13870.10860.139-0.01360.0760.3083-0.10470.309-52.7027104.53610.1786
7-0.00030.00170.00180.03360.01990.01080.0184-0.05690.1258-0.0011-0.00070.0718-0.0639-0.03750.03890.27870.07940.00590.08-0.08490.3204-42.8414117.62291.1797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 193 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 194 through 262 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 263 through 320 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 321 through 356 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 357 through 448 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 449 through 528 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 529 through 565 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る