PDB-5fhy: Crystal structure of FliD (HAP2) from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fhy

タイトル

Crystal structure of FliD (HAP2) from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

B-type flagellar hook-associated protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / bacterial flagella / cap protein

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum filament cap / bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Postel, S. / Bonsor, D. / Diederichs, K. / Sundberg, E.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Bacterial flagellar capping proteins adopt diverse oligomeric states.
著者: Postel, S. / Deredge, D. / Bonsor, D.A. / Yu, X. / Diederichs, K. / Helmsing, S. / Vromen, A. / Friedler, A. / Hust, M. / Egelman, E.H. / Beckett, D. / Wintrode, P.L. / Sundberg, E.J.

履歴

登録	2015年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fhy.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fhy.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fhy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fhy_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fhy_full_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示
XML形式データ	5fhy_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5fhy_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/5fhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/5fhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	20608 5e7o-d 20150 22048 22049 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: B-type flagellar hook-associated protein 2

B: B-type flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

71.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: B-type flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

x 6

A: B-type flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
431 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_765	-y+2,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_675	-x+y+1,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	4_775	-x+2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	5_565	y,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_655	x-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	1_554	x,y,z-1	1
crystal symmetry operation	2_764	-y+2,x-y+1,z-1	1
crystal symmetry operation	3_674	-x+y+1,-x+2,z-1	1
crystal symmetry operation	4_774	-x+2,-y+2,z-1	1
crystal symmetry operation	5_564	y,-x+y+1,z-1	1
crystal symmetry operation	6_654	x-y+1,x,z-1	1

2

A: B-type flagellar hook-associated protein 2

B: B-type flagellar hook-associated protein 2

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
431 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_765	-y+2,x-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_675	-x+y+1,-x+2,z	1
crystal symmetry operation	4_775	-x+2,-y+2,z	1
crystal symmetry operation	5_565	y,-x+y+1,z	1
crystal symmetry operation	6_655	x-y+1,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.741, 124.741, 107.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	B-type flagellar hook-associated protein 2 / HAP2 / Filament cap protein / Flagellar cap protein 分子量: 35875.734 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 78-405 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: fliD, PA1094 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21pLysS / 参照: UniProt: Q9K3C5
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.28 % / 解説: hexagonal thick plates
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallized in 0.8 M NaK Tartrate, 0.1 M Hepes pH 7.5 using random matrix microseed screening Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→62.4 Å / Num. all: 367311 / Num. obs: 47974 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 60.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.15
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 3.702 / Mean I/σ(I) obs: 0.55 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: low resolution SeMet protein

解像度: 2.201→62.371 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 38.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2867	4594	4.92 %	random
R_work	0.2492	-	-	-
obs	0.251	47968	98.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→62.371 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3128	0	3	88	3219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	4287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.284	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2006-2.2257	0.4592	138	0.4097	2919	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2257-2.2518	0.3855	153	0.4221	2908	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2518-2.2793	0.4014	151	0.4137	2937	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2793-2.3082	0.4165	158	0.4055	2927	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3082-2.3385	0.3944	151	0.404	2977	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3385-2.3706	0.4395	161	0.3901	2910	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3706-2.4044	0.3864	151	0.3762	2952	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4044-2.4403	0.37	170	0.3665	2921	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4403-2.4785	0.4205	158	0.3651	2983	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4785-2.5191	0.3732	127	0.3472	2921	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5191-2.5625	0.3745	159	0.3544	3000	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5625-2.6091	0.3517	142	0.3512	2999	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6091-2.6593	0.3574	180	0.3335	2885	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6593-2.7136	0.363	147	0.3427	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7136-2.7726	0.3759	155	0.329	2995	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7726-2.8371	0.3759	132	0.3236	2972	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8371-2.908	0.3302	144	0.3173	2959	X-RAY DIFFRACTION	99
2.908-2.9867	0.3076	175	0.2847	2933	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9867-3.0745	0.3331	160	0.2778	2934	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0745-3.1738	0.3086	149	0.2694	3011	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1738-3.2872	0.3195	164	0.2637	2938	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2872-3.4188	0.3043	132	0.2592	2988	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4188-3.5744	0.306	144	0.2481	3011	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5744-3.7628	0.3131	192	0.234	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7628-3.9985	0.269	172	0.2331	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9985-4.3072	0.2138	157	0.1995	2977	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3072-4.7405	0.233	141	0.1875	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7405-5.4261	0.2603	138	0.2061	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4261-6.835	0.2233	166	0.2243	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
6.835-62.3955	0.2429	127	0.208	3025	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4424	6.0343	-1.2688	8.2976	-1.6742	1.9145	0.5859	-0.9005	-0.02	0.945	-0.893	-0.2957	0.045	0.1793	0.2204	0.4121	-0.06	-0.1358	0.4917	0.001	0.406	38.2286	132.1521	74.294
2	5.0713	-3.7484	-2.3077	7.873	2.0635	3.441	0.3618	-0.4016	0.4515	0.1167	-0.2643	0.005	-0.5329	0.0212	-0.098	0.5423	-0.0079	-0.1488	0.5557	-0.0898	0.8827	56.455	161.7292	72.6929
3	6.7984	4.5337	1.083	6.9736	-0.1619	5.4146	-0.5148	0.4976	1.7714	-1.0236	0.53	1.0227	-0.5031	-0.1099	-0.0238	0.5381	0.0161	-0.1656	0.5993	0.1235	1.0676	51.2266	161.4343	65.6534
4	6.2696	3.1092	0.6146	4.4665	-0.1956	0.5212	-0.1357	0.1826	0.3386	-0.2161	-0.1204	0.2791	-0.1456	0.0591	0.1613	0.4031	-0.0045	-0.1552	0.4552	0.0066	0.3803	41.466	137.8095	68.4069
5	4.9568	-0.4486	-6.7861	-0.0264	0.5265	9.2161	-0.5512	-0.6508	-0.455	0.832	-0.2807	0.3947	3.2503	0.1625	0.8493	1.4907	-0.4466	0.043	0.8484	0.1687	0.6019	27.8606	120.0644	98.0901
6	7.0124	7.4786	6.9114	7.966	7.3654	6.808	-2.0087	-0.1935	1.0446	-2.3674	0.8612	0.2189	-2.4983	1.0742	0.5544	1.9576	0.0661	0.4447	1.6916	0.1765	0.4362	29.1673	119.5451	130.2256
7	7.2656	-3.5441	0.6166	4.154	1.6383	1.5871	-0.1841	0.9023	0.102	-0.1146	0.4753	-0.1515	0.382	-0.1236	-0.3228	0.9811	-0.0973	-0.1139	0.8722	0.0908	0.549	80.5687	136.9242	37.5367
8	4.6776	0.5448	-0.3794	2.3967	1.363	4.8623	-0.1297	0.3583	0.6796	-0.161	0.1063	0.2399	-0.7323	-0.3986	0.0417	0.8257	0.1049	-0.1152	0.7858	0.2594	0.7819	57.6323	161.8827	41.1524
9	8.7509	-3.4701	-0.6507	2.1358	0.2037	0.9478	0.331	0.8197	0.2721	-0.6052	-0.1809	0.0656	0.0581	-0.0753	-0.1825	1.0742	-0.1817	-0.1322	0.8049	0.1275	0.5427	77.029	140.5169	42.7611
10	0.9767	1.4202	-0.4564	1.7621	-0.6712	0.4924	-0.1901	-1.041	-0.4294	0.6848	0.1016	-0.6561	-0.8967	-0.6672	0.1202	1.5963	0.2396	-0.0583	1.2946	-0.0885	0.6744	94.5681	126.5426	-2.0341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 80 through 109 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 110 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 181 through 212 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 213 through 268 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 269 through 296 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 297 through 308 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 80 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 110 through 212 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 213 through 273 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 274 through 308 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)