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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fdb | ||||||
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タイトル | Iron free rat cysteine dioxygenase R60QC164R variant | ||||||
![]() | Cysteine dioxygenase type 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / thioether bond / post-translational modification / post translational / posttranslational / cysteine dioxygenase / iron / non-heme mono-iron / cupin / arginine to glutamine substitution / cysteine to arginine substitution / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / : / lactation / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | R60QC164R variant | ||||||
![]() | Fellner, M. / Davies, C.G. / Tchesnokov, E.P. / Jameson, G.N.L. / Wilbanks, S.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Iron free rat cysteine dioxygenase R60QC164R variant 著者: Wilbanks, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4kwjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23083.875 Da / 分子数: 1 / 変異: R60Q,C164R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Hanging drops of 1 uL of 31.7 mg/mL R60QC164R CDO which had been iron reconstituted to 57% occupancy [100mM Tris-HCl, 50mM NaCl pH 8.0] and 2 uL of reservoir buffer containing crushed WT CDO ...詳細: Hanging drops of 1 uL of 31.7 mg/mL R60QC164R CDO which had been iron reconstituted to 57% occupancy [100mM Tris-HCl, 50mM NaCl pH 8.0] and 2 uL of reservoir buffer containing crushed WT CDO seeds were allowed to equilibrate above the reservoir buffer [26% (w/v) polyethylene glycol 4000, 200 mM ammonium acetate, and 100 mM sodium citrate (pH 6.2)]. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月26日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→57.19 Å / Num. obs: 21417 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 244273 / Scaling rejects: 2831 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KWJ 解像度: 1.75→33.796 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.95 Å2 / Biso mean: 22.5136 Å2 / Biso min: 4.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→33.796 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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