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- PDB-5fd0: Streptomyces plicatus N-acetyl-beta-hexosaminidase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fd0
タイトルStreptomyces plicatus N-acetyl-beta-hexosaminidase in complex with NAGlucal
要素B-N-acetylhexosaminidase
キーワードHYDROLASE / Family 20 glycoside hydrolase / SpHex / GH20 / NAG-glucal / hexosaminidase / glycosidase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces plicatus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vadlamani, G. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Cystic Fibrosis Canada カナダ
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: N-Acetyl glycals are tight-binding and environmentally insensitive inhibitors of hexosaminidases.
著者: Santana, A.G. / Vadlamani, G. / Mark, B.L. / Withers, S.G.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9168
ポリマ－56,1271
非ポリマー7907
水12,196677
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: B-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子

A: B-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,83316
ポリマ－112,2542
非ポリマー1,57914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area3560 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.170, 133.170, 176.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-917-

HOH

21A-1070-

HOH

31A-1115-

HOH

41A-1154-

HOH

51A-1161-

HOH

61A-1329-

HOH

詳細monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 B-N-acetylhexosaminidase


分子量: 56126.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces plicatus (バクテリア)
遺伝子: hex / プラスミド: pET-3a / 詳細 (発現宿主): Ampicillin resistance / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: O85361
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8M ammonium sulphate, 0.1M trisodium citrate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→54.81 Å / Num. obs: 61567 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2236)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HP4

1hp4


解像度: 2→33.759 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1796 2000 3.26 %Random selection
Rwork0.1496 ---
obs0.1506 61441 97.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 0 47 677 4580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0315516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0862347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008721
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2891340.22994009X-RAY DIFFRACTION94
2.05-2.10550.23881350.21194015X-RAY DIFFRACTION94
2.1055-2.16740.23121380.19164101X-RAY DIFFRACTION96
2.1674-2.23730.20871400.17844142X-RAY DIFFRACTION97
2.2373-2.31730.20981410.1634206X-RAY DIFFRACTION98
2.3173-2.410.18461430.1614248X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.51970.21241440.15194288X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.65250.21281450.14854292X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-2.81860.17521440.15084322X-RAY DIFFRACTION100
2.8186-3.03610.17571460.14254336X-RAY DIFFRACTION100
3.0361-3.34140.17761460.13744337X-RAY DIFFRACTION100
3.3414-3.82430.14061460.1264330X-RAY DIFFRACTION99
3.8243-4.8160.12551450.11464325X-RAY DIFFRACTION97
4.816-33.76340.1851530.16164490X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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