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- PDB-5fcg: Crystal structure of Bcl-2 in complex with HBx-BH3 motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fcg
タイトルCrystal structure of Bcl-2 in complex with HBx-BH3 motif
要素
  • Apoptosis regulator Bcl-2
  • Protein X
キーワードAPOPTOSIS / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / melanin metabolic process ...: / negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / channel inhibitor activity / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / regulation of glycoprotein biosynthetic process / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / melanin metabolic process / positive regulation of skeletal muscle fiber development / positive regulation of melanocyte differentiation / myeloid cell apoptotic process / osteoblast proliferation / cochlear nucleus development / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / positive regulation of neuron maturation / negative regulation of osteoblast proliferation / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / T cell apoptotic process / stem cell development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / melanocyte differentiation / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / lymphoid progenitor cell differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / B cell apoptotic process / negative regulation of T cell apoptotic process / glomerulus development / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / oocyte development / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / neuron maturation / regulation of viral genome replication / negative regulation of motor neuron apoptotic process / focal adhesion assembly / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of ossification / negative regulation of B cell apoptotic process / response to UV-B / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to iron ion / calcium ion transport into cytosol / channel activity / negative regulation of mitochondrial depolarization / motor neuron apoptotic process / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / smooth muscle cell migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / organ growth / digestive tract morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / hair follicle morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / : / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / pore complex / positive regulation of smooth muscle cell migration / B cell proliferation / T cell homeostasis / BH3 domain binding / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / host cell mitochondrion / humoral immune response / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Activation of BAD and translocation to mitochondria / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / cellular response to glucose starvation / skeletal muscle fiber development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of B cell proliferation / response to glucocorticoid / homeostasis of number of cells within a tissue / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of autophagy / viral genome replication / negative regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Transactivation protein X / Trans-activation protein X / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Transactivation protein X / Trans-activation protein X / Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein X / Apoptosis regulator Bcl-2 / Protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Jiang, T.Y. / Liu, M.H. / Wu, J.P. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural and biochemical analysis of Bcl-2 interaction with the hepatitis B virus protein HBx
著者: Jiang, T.Y. / Liu, M.H. / Wu, J.P. / Shi, Y.G.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references / Other
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2
C: Protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6032
ポリマ－22,6032
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.777, 82.990, 33.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2


分子量: 19440.623 Da / 分子数: 1 / 変異: ALA36 mutation / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10415*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Protein X / HBx / Peptide X / pX


分子量: 3162.652 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 110-135 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: E9L5H4, UniProt: Q99HR6*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR CHAIN A DOES NOT CURRENTLY EXIST. RESIDUE ALA A 36 IS MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 % / 解説: neddle
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100mM sodium acetate, 500mM ammonium sulfate / PH範囲: 4.6 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 10943 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XA0

2xa0


解像度: 2.1→34.781 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 518 4.79 %
Rwork0.2552 --
obs0.2562 10804 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 0 93 1547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0211503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0372030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.222541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.143207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009264
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0986-2.30970.38141370.3522411X-RAY DIFFRACTION96
2.3097-2.64380.32931170.26582568X-RAY DIFFRACTION100
2.6438-3.33060.28051300.25712598X-RAY DIFFRACTION100
3.3306-34.7860.22441340.22142709X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 75.2023 Å / Origin y: 181.2699 Å / Origin z: 3.068 Å
111213212223313233
T0.1293 Å2-0.0079 Å20.0197 Å2-0.142 Å2-0.0066 Å2--0.1016 Å2
L1.8013 °20.0988 °20.2004 °2-2.2666 °2-0.215 °2--1.2659 °2
S-0.0203 Å °-0.0634 Å °0.0595 Å °0.0364 Å °-0.0187 Å °-0.0202 Å °-0.0281 Å °0.0275 Å °0.033 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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