PDB-5fc2: Structure of a separase in complex with a pAMK peptide containing...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fc2

タイトル

Structure of a separase in complex with a pAMK peptide containing a phospho-serine

要素

pAMK, peptide containing a phospho-serine
separase

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / cohesin / complex / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

separase / meiotic chromosome separation / mitotic spindle pole body / mitotic spindle / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of cohesin cleavage by separase.
著者: Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月4日	Group: Derived calculations / Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fc2.cif.gz	212.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fc2.ent.gz	175 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5fc2_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fc2_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	5fc2_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	5fc2_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/5fc2	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	5yb0-6 4pxa-d 4wlg-3 4cwa-2 5y4p-2 6h4z-d 5a1f-d 5y4q-1 5a3w-d 1vk3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: pAMK, peptide containing a phospho-serine

B: separase

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.354, 85.013, 119.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	pAMK, peptide containing a phospho-serine タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1145.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: pAMK, peptide inhibitor containing a phospho-serine
#2: タンパク質	separase 分子量: 59976.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0070540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHM3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), KCl, HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.838→50 Å / Num. obs: 50208 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 19.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ収集
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.84→42.51 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	1981	3.95 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.181	50140	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→42.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3864	0	0	454	4318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	5343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.854	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8378-1.8838	0.284	123	0.2805	2916	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8838-1.9347	0.2876	141	0.2403	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9347-1.9916	0.2564	140	0.2123	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9916-2.0559	0.22	141	0.1881	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0559-2.1294	0.1898	142	0.1884	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1294-2.2146	0.2295	140	0.183	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2146-2.3154	0.1984	143	0.1735	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3154-2.4375	0.2249	142	0.1787	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4375-2.5902	0.2088	141	0.175	3453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5902-2.7901	0.2132	143	0.1878	3470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7901-3.0708	0.246	143	0.1791	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0708-3.515	0.1766	144	0.1649	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.515-4.4278	0.1664	146	0.1519	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4278-42.5179	0.2033	152	0.1839	3699	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8488	0.5753	-0.2467	1.1634	0.4063	1.3052	-0.0296	0.1562	0.0622	-0.2013	0.1199	-0.0148	-0.2456	0.1745	-0.0862	0.1057	0.0193	-0.0065	0.086	-0.0016	0.1229	-11.6825	5.1246	-11.5915
2	1.7043	0.4686	-0.7159	0.7812	0.0205	1.2801	-0.1837	0.1734	-0.1867	-0.0928	0.1147	0.034	0.2574	-0.0619	0.1074	0.1861	-0.0151	0.0026	0.1305	-0.0274	0.1617	-20.0754	-11.5539	-11.8743
3	1.7826	-0.0682	1.0205	1.1637	-0.4269	2.427	0.0547	0.044	-0.0284	-0.0277	-0.0863	-0.1121	0.2868	0.2927	0.0411	0.1476	0.0246	-0.0157	0.1808	-0.0032	0.1506	8.467	-6.8032	-17.927
4	0.847	0.166	-0.3582	0.5777	0.0018	1.3437	-0.0204	-0.0067	0.0687	0.0002	0.0641	-0.0275	-0.0927	0.1269	-0.0332	0.095	-0.012	-0.0063	0.0875	-0.0124	0.1187	-16.2082	5.5696	0.6783
5	1.8664	0.1941	0.0552	1.6383	0.0491	1.6096	-0.0254	0.11	0.1574	-0.0967	0.0326	0.0949	-0.179	-0.0798	-0.015	0.118	0.0177	0.0029	0.0988	-0.001	0.1246	-28.6571	9.2721	7.0149
6	1.7938	0.467	0.1351	1.6464	0.1296	1.6881	-0.0049	-0.162	-0.0809	0.1383	0.0459	-0.0479	0.0382	0.0666	-0.0293	0.0837	0.0144	0.0027	0.105	0.0006	0.0996	-17.7378	-0.4993	6.2259

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:9 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1697:1730 )	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:9 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1697:1730 )	B	1697 - 1730
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1731:1818 )	B	1731 - 1818
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 1819:1952 )	B	1819 - 1952
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1953:2041 )	B	1953 - 2041
6	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 2042:2128 )	B	2042 - 2128
7	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 2129:2221 )	B	2129 - 2221

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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