PDB-5fby: Crystal structure of ctSPD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fby

タイトル

Crystal structure of ctSPD

要素

cleaved peptide
separase

キーワード

HYDROLASE / cohesin / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

separase / meiotic chromosome separation / mitotic spindle pole body / mitotic spindle / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of cohesin cleavage by separase.
著者: Lin, Z. / Luo, X. / Yu, H.

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月4日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fby.cif.gz	218.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fby.ent.gz	171.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fby.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fby_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fby_full_validation.pdf.gz	441 KB	表示
XML形式データ	5fby_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5fby_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fby	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fc2C 5fc3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gmm-d 3oac-3 5fc3-d 3krf-3 6o64-4 3au1-d 5wl1-d 3bwc-d 6ojp-d 4tyy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: separase

B: cleaved peptide

65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.559, 98.889, 107.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	separase 分子量: 62462.699 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1621-2223 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0070540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHM3
#2: タンパク質・ペプチド	cleaved peptide 分子量: 2877.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, ammonium citrate tribasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.898→50 Å / Num. obs: 47718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 27.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定

精密化

解像度: 1.898→49.381 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	2006	4.28 %
R_work	0.1709	-	-
obs	0.1721	46923	98.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→49.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3937	0	13	394	4344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.262	5471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.527	1469
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	601
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	708

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8982-1.9457	0.2586	133	0.2359	2736	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9457-1.9983	0.2599	125	0.2005	3022	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9983-2.0571	0.237	154	0.1878	3167	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0571-2.1235	0.2018	146	0.1799	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1235-2.1994	0.2231	137	0.1763	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1994-2.2875	0.2129	140	0.1797	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2875-2.3916	0.2096	141	0.169	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3916-2.5177	0.1866	148	0.1625	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5177-2.6754	0.1849	146	0.1717	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6754-2.8819	0.1835	145	0.1652	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8819-3.1719	0.1884	144	0.1729	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1719-3.6308	0.1788	146	0.1565	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6308-4.5739	0.1784	151	0.146	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5739-49.3973	0.2034	150	0.1833	3470	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8403	0.0926	-0.3729	0.534	-0.2313	1.5464	-0.0818	-0.0448	-0.2936	-0.0618	0.0662	-0.069	0.4423	-0.0758	0.1009	0.1872	-0.0511	-0.0439	0.0893	0.0334	0.1606	12.929	-2.3908	10.5232
2	1.4066	-0.1856	0.3573	0.3566	-0.4203	0.8722	-0.0084	-0.2075	-0.4005	-0.1608	-0.2514	-0.2144	0.434	0.486	-0.3499	0.2165	0.2208	0.0411	0.3728	0.2396	0.374	36.006	-9.3784	9.9968
3	1.033	-0.261	-0.324	1.3686	-0.214	1.3915	0.022	-0.1607	0.1097	0.1847	0.0883	-0.0477	-0.2254	0.0077	-0.0514	0.1347	-0.0181	-0.0263	0.1009	0.0142	0.0898	10.7448	17.7994	15.5046
4	2.8461	-0.3372	1.0472	3.4078	-0.2097	1.4477	-0.0317	-0.062	0.018	-0.0677	0.1156	0.1607	-0.1083	-0.2115	-0.0541	0.1483	0.045	0.037	0.1168	0.0463	0.1194	-1.5535	22.0101	10.8067
5	1.5811	-0.1093	-0.3365	1.5495	-0.6547	1.7295	0.0377	-0.1076	0.0479	0.1189	0.0953	0.0373	-0.1605	-0.1254	0.0298	0.1034	-0.0072	-0.0333	0.0911	0.0221	0.0823	8.8238	13.4554	18.2463
6	4.0944	-3.2347	-2.9844	3.7407	2.4982	2.4798	0.3282	0.6346	-0.1662	-0.6062	-0.2123	0.2531	-0.0381	-0.4515	0.1436	0.1508	-0.0356	-0.0589	0.2107	0.0027	0.1597	13.644	3.5653	-6.0068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1684 through 1818 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1819 through 1945 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1946 through 2059 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2060 through 2112 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2113 through 2220 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 20 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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