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- PDB-5f9q: Crystal structure of the extracellular domain of noncanonic ABC-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9q
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of noncanonic ABC-type transporter YknZ from Gram-positive bacteria
要素Macrolide export ATP-binding/permease protein YknZ
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Bacillus amyloliquefaciens / SDP transporter YknWXYZ / respective permease YknZ
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.044 Å
データ登録者Xu, Y. / Guo, J. / Jiang, R. / Jin, X. / Fan, S. / Quan, C.S. / Ha, N.C.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31200556 中国
the National Natural Science Foundation of China21402024 中国
the National Natural Science Foundation of China21272031 中国
China Postdoctoral Science Foundation2013M540229 中国
the Fundamental Research Funds for the Central UniversitiesDC201502020203 中国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: The Crystal Structure of the YknZ Extracellular Domain of ABC Transporter YknWXYZ from Bacillus amyloliquefaciens.
著者: Xu, Y. / Guo, J. / Wang, L. / Jiang, R. / Jin, X. / Liu, J. / Fan, S. / Quan, C.S. / Ha, N.C.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide export ATP-binding/permease protein YknZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0831
ポリマ－22,0831
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.169, 46.147, 87.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrolide export ATP-binding/permease protein YknZ


分子量: 22082.582 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellural domain (UNP RESIDUES 58-256) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: ABH13_1432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3VAX9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6
詳細: 22.5% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.125 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate (pH 4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41 Å / Num. obs: 11741 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2→10 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.044→40.823 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1166 9.93 %
Rwork0.1944 --
obs0.1996 11741 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.044→40.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1433 0 0 97 1530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1571954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.574539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0441-2.13710.3491480.29451269X-RAY DIFFRACTION99
2.1371-2.24980.30561340.25941284X-RAY DIFFRACTION98
2.2498-2.39070.29591390.23411276X-RAY DIFFRACTION97
2.3907-2.57530.27721410.21731328X-RAY DIFFRACTION100
2.5753-2.83440.29741490.21731312X-RAY DIFFRACTION100
2.8344-3.24440.26561490.19351330X-RAY DIFFRACTION100
3.2444-4.0870.22931490.16031350X-RAY DIFFRACTION100
4.087-40.83060.18441570.16381426X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.423 Å / Origin y: 18.5962 Å / Origin z: 20.0147 Å
111213212223313233
T0.1755 Å2-0.0097 Å20.0051 Å2-0.1581 Å2-0.0043 Å2--0.1732 Å2
L1.1044 °2-0.1371 °20.6265 °2-0.805 °2-0.2936 °2--1.2144 °2
S-0.0253 Å °-0.0018 Å °-0.0641 Å °0.0308 Å °0.0502 Å °0.0388 Å °0.0254 Å °-0.0684 Å °-0.0085 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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