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- PDB-5f91: Fumarate hydratase of Mycobacterium tuberculosis in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f91
タイトルFumarate hydratase of Mycobacterium tuberculosis in complex with formate and allosteric modulator (N-(5-(azepan-1-ylsulfonyl)-2-methoxyphenyl)-2-(4-oxo-3,4-dihydrophthalazin-1-yl)acetamide)
要素Fumarate hydratase class II
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / allostery / inhibitor / hydratase / metabolism / tuberculosis / modulation / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5WJ / FORMIC ACID / Fumarate hydratase class II / Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Kasbekar, M. / Fischer, G. / Mott, B.T. / Yasgar, A. / Hyvonen, M. / Boshoff, H.I. / Abell, C. / Barry, C.E. / Thomas, C.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Selective small molecule inhibitor of the Mycobacterium tuberculosis fumarate hydratase reveals an allosteric regulatory site.
著者: Kasbekar, M. / Fischer, G. / Mott, B.T. / Yasgar, A. / Hyvonen, M. / Boshoff, H.I. / Abell, C. / Barry, C.E. / Thomas, C.J.
履歴
登録2015年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase class II
B: Fumarate hydratase class II
C: Fumarate hydratase class II
D: Fumarate hydratase class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,64212
ポリマ－210,4774
非ポリマー1,1648
水27,9051549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27670 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area54150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.212, 96.497, 124.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-683-

HOH

21D-931-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Fumarate hydratase class II / Fumarase C


分子量: 52619.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: fumC, fum, MT1130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WN92, UniProt: P9WN93*PLUS, fumarate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-5WJ / ~{N}-[5-(azepan-1-ylsulfonyl)-2-methoxy-phenyl]-2-(4-oxidanylidene-3~{H}-phthalazin-1-yl)ethanamide


分子量: 470.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O5S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 17% PEG3350, 5% DMSO, 200 mM MgFormate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→48.806 Å / Num. obs: 130081 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.998→2.004 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 62.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NO9

3no9


解像度: 1.998→48.806 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 6505 5 %Random
Rwork0.1508 ---
obs0.1529 130054 95.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→48.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13225 0 74 1549 14848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98618385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1424948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052474
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.998-2.02060.30962090.24583747X-RAY DIFFRACTION88
2.0206-2.04440.25342130.21524225X-RAY DIFFRACTION97
2.0444-2.06930.27212350.22364147X-RAY DIFFRACTION97
2.0693-2.09550.26862080.21884183X-RAY DIFFRACTION97
2.0955-2.12310.27312270.21034215X-RAY DIFFRACTION97
2.1231-2.15220.2512110.19284138X-RAY DIFFRACTION96
2.1522-2.18290.26142240.18654125X-RAY DIFFRACTION96
2.1829-2.21550.21952210.17814199X-RAY DIFFRACTION97
2.2155-2.25010.20881890.17284219X-RAY DIFFRACTION97
2.2501-2.2870.20242370.16474145X-RAY DIFFRACTION97
2.287-2.32640.21132430.15564177X-RAY DIFFRACTION97
2.3264-2.36870.22222370.16544094X-RAY DIFFRACTION96
2.3687-2.41430.20232320.16134082X-RAY DIFFRACTION95
2.4143-2.46360.20232110.15764188X-RAY DIFFRACTION97
2.4636-2.51710.22252400.15774198X-RAY DIFFRACTION97
2.5171-2.57570.21971950.15354162X-RAY DIFFRACTION96
2.5757-2.64010.19582150.1514177X-RAY DIFFRACTION96
2.6401-2.71150.21542100.14864166X-RAY DIFFRACTION96
2.7115-2.79120.19742130.15214087X-RAY DIFFRACTION95
2.7912-2.88130.20142140.14784181X-RAY DIFFRACTION96
2.8813-2.98430.20272250.14934144X-RAY DIFFRACTION96
2.9843-3.10380.19661970.14644158X-RAY DIFFRACTION95
3.1038-3.2450.19632160.14584082X-RAY DIFFRACTION94
3.245-3.4160.172340.14254127X-RAY DIFFRACTION95
3.416-3.630.18382290.13394063X-RAY DIFFRACTION94
3.63-3.91020.18081900.13214078X-RAY DIFFRACTION93
3.9102-4.30340.15232100.11894087X-RAY DIFFRACTION93
4.3034-4.92570.13842120.11464009X-RAY DIFFRACTION92
4.9257-6.20380.16952080.13754028X-RAY DIFFRACTION92
6.2038-48.82060.13622000.13493918X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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